同时，还主动帮助后秦攻打实力弱小又不愿意臣服后秦的国家，还每年向后秦进贡，这般示好，让姚兴真的以为秃发傉檀把他尊为了大王，看在秃发傉檀这么卖力讨好的面子上，也就把姑臧送给了秃发傉檀。占领了姑臧的南凉，在国力上更强大了，秃发傉檀的第一步计划实现了，他的下一个目标是沮渠蒙逊的后凉。不过，对付沮渠蒙逊似乎是秃发傉檀战略上的一个失误。
义熙三年（407年），秃发傉檀借出游之名，秘密整合军队攻打沮渠蒙逊，结果信心十足的秃发傉檀大败而归。分析原因，当时沮渠蒙逊的后凉也处于上升期，国力与南凉不相上下，秃发傉檀贸然行动，显然会受挫。秃发傉檀应该先解决乞伏乾归和乞伏炽磐父子，再解决处于快崩盘状况的后秦，最后再集中力量对付最难缠的沮渠蒙逊。但此前南凉的强盛，令他认为南凉的国力强大到足以对抗后凉，却不知后凉也在迅速强大起来。
在沮渠蒙逊和秃发傉檀打了这场仗以后，后秦姚兴注意到了秃发傉檀的意图可不是仅仅后凉这个小政权，姚兴观察秃发傉檀复的动静，准备在合适的机会除掉他，秃发傉檀权诈而学识渊博，知道后秦对自己已经有疑心，并与前往的军队交战，打败了后秦。408年十一月，秃发傉檀复称凉王，赦免境内罪犯，改年号为嘉平，设置百官。410年，秃发傉檀再次对沮渠蒙逊发起了进攻，两军进行了一场恶战，这场战斗持续了很久。就在秃发傉檀不注意的时候，十六国的另一位风云人物赫连勃勃又开始崛起，赫连勃勃斩杀的成千上万的南凉士兵的尸体，让秃发傉檀愤怒，乞伏乾归和乞伏炽磐父子重新建立了西秦也重振旗鼓把矛头指向了南凉，南凉元气大伤。最后，秃发傉檀不得不送出去三个儿子当人质，才让沮渠蒙逊撤兵。后来，西秦的乞伏炽磐当然知道秃发傉檀在南凉的地位和声望，在利用他完成对南凉国土的全部征服后，就毒死了毫无价值的秃发傉檀。一代枭雄就这样逝去了。
秃发傉檀是一位具有战略眼光，又有相当修养的君王，他建立南凉后大力改革，修养的同时又积极发展经济，使南凉一度成为一个强盛的政权，他虽然最后功败垂成，但他的光辉事迹，会永远被历史铭记。