传统上对于屯门海战的想象，复原明朝官兵以传统武器对抗先进的西方科技
由于没有能够围歼葡萄牙人，明朝地方官火冒三丈。碰巧押解到广州的皮雷斯等人就成了发泄对象。他们被分别关押后，接受了明朝地方官长时间的审问，在不得要领后被继续囚禁。一些人遭受到了明朝监狱方的酷刑虐待，先后毙命。唯有皮雷斯待遇稍稍好于其他人，他带来进献给皇帝的礼物也被地方官们侵吞。一直到这个时候，依然有零散的葡萄牙人搭乘泰国人的船抵达广州进行贸易。于是腐败无比的明朝地方官员再次组织人手突袭了这些商船，在就地完成分赃后，那些被抓葡人连同船上的泰国人也都遭了明朝地方守军的毒手。
葡人为何在中国屡屡碰壁
明朝虽然在屯门海战中取得了最后的胜利，却赢的并不轻松。虽然在屯门的葡萄牙人并没有数量足够的武器和军队，使用的船只也都是在亚洲临时购买的。但依靠先进武器优势与战争经验丰富，依然给明朝军队以不小的心里打击。今天很多人在将此战简单定性为中国对近代西方殖民者的第一次胜利，并且夸大交战双方的武器技术差距，实在是多此一举。而此次战役背后真正值得思考的诸多文化与制度因素，却被后来的研究者们所忽视了。
今日的屯门岛
表面上，中西方文化冲突是这次战役爆发的最大导火索。例如皮雷斯在北京向明武宗敬献曼诺埃尔国王写的国书后就发现，明朝官员翻译的版本被篡改的面目全非。当大使质问儒学官员时，后者的回答简单明了：这是天朝的礼数。的确，在当时，任何国家，不分强弱，在以儒学世界观的明朝官员眼里都是不折不扣的蛮夷。那么任何带有平等外交性质的公文就必须进行本土化的润色，以显得谦卑、恭候，不失皇帝乃至整个王朝的体面。这也是为什么几乎所有明朝中央官员都以儒学世界观看待天下大局，自认为有义不容辞的义务，去提醒皇帝下令驱逐葡萄牙人，维护实际上已经日渐瓦解朝贡体系。