由于葡萄牙本土人口不多，海军部队需要在整个广袤的印度洋沿岸和南洋地区经营殖民据点，所以能派往中国的人数非常稀少。不得已的情况下，葡萄牙人只好在马六甲和印度等地建造适合近海航行的桨帆船，并且雇佣东南亚和印度的土著作为划桨手。又或者直接从南洋当地购买中国式帆船使用，雇佣南洋本地人甚至华人作为船员。这样一来，每艘船上真正负责作战和指挥的葡人往往在几个到十多个之间不等。在开战前夕，又有2艘葡萄牙人的中国式帆船从马六甲赶来，让葡军的船数达到了5艘。这些由葡萄牙人指挥，南洋土著操作的中国式帆船，就成为了近代第一次中西方海战中的西方海军战舰。与过去很多人联想的先进西式帆船与传统中国船舶较量的场面，并没有出现在屯门之战中。
一艘西方人使用的中国式帆船
于是汪鋐指挥明军水师对屯门岛上的葡萄牙人进行了第一作战，结果却是大败而归。最大的原因就在于葡萄牙人装备着性能远比明朝火器先进的弗朗机火炮与火绳枪。尤其前者是可以快速替换弹药的后装火炮，在射程和威力上也胜于明军武器一筹。何况在当时，经历漫长航行来到亚洲的葡萄牙人往往有多年海上作战经验，可谓身经百战。而明朝水师则缺乏历练，经常连自己沿海的海盗都睁一只眼闭一只眼，懒得去管。明朝水军成员的战斗力显然无法同葡人的精锐海员相提并论。于是，明朝水师只能依靠数量将屯门岛包围起来，却始终无法攻克。几次进攻下来，都损失惨重。这是，又有1艘中国式帆船从马六甲赶来，葡军战船数量上升到了6艘。
大小各型号的弗朗机火炮
经历了一系列的失败之后，汪鋐组织明军进行了精心准备。包括私下接触了为葡萄牙人工作的华人，了解葡萄牙人的具体数量和武器情况。同时精心准备了大量火船，用以弥补自身战船火力不足的毛病。在40天的围困后，明军发起了总攻。由于屯门岛上人烟稀少，物资匮乏，岛上的葡萄牙守军自然也是补给匮乏，弹药告急。在明军最后一次总共开始后，葡萄牙人损失了1艘帆船，于是决定将剩余船上的葡人集合在3艘船上，拼死突围出去。最后他们利用风暴，突破了明朝水师的封锁，逃回马六甲。