中国历史上少有的奇葩皇帝明武宗
然而回到北京仅仅三个月，喜好女色的明武宗便在1521年因病而死。中葡蜜月期戛然而止。朝中早就视江彬为眼中钉的大臣们联合杨太后将其赐死，接着又处死了火者亚三。皮雷斯一行人被明朝朝廷下令逮捕，押解回广州关押。他们的存在早就让南洋地区的诸多藩属国非常不满，亲近江彬的做法又惹怒了朝中众多看江彬不爽的士大夫大臣。在这些儒家正统观信徒的眼里，火者亚三这样的三教九流根本就是不习教化的化外之民，却能接触皇帝，实在是难以符合传统礼数，是必须除之而后快的对象。葡萄牙人攻略南洋，擅自来华，又是对天朝正统观念下的朝贡体系的挑战。所以无论从何角度来看，火者亚三的被杀都不会让人意外。
此时，留在珠江口的葡萄牙人已经由安德拉德的兄弟西蒙.安德拉德接替指挥，他为了防御中国沿海频繁出没的海盗而在屯门岛上建立了小规模的防御工事。这些事情在明朝中央看来，更加难以接受。随后，几艘带有葡萄牙人的泰国船陆续从南洋赶来，又被明朝地方官拒之门外，双方的冲突已经到了激化的边缘。新继位的明世宗嘉靖皇帝年纪虽小，却是一个非常信奉传统礼教的皇帝。在满朝愤怒大臣的怂恿下，新皇帝下令驱逐葡萄牙人，禁止他们继续来华贸易，并要求他们退出马六甲。
广州当地守军也已经开始组织水军进攻在屯门岛的葡萄牙人。不过他们第一个目标并不是屯门岛上的葡萄牙人，而是对港口内搭载着葡人的南洋船只进行了突袭。不仅将船上的葡人抓捕、杀害，还将这些船上无辜的南洋商人大量击毙，幸存者被悉数卖为奴隶。船上的货物全部被本地官员中饱私囊。
屯门岛之战与广州葡囚
1521年的8月，驱逐葡萄牙人的任务落到了时年56岁的广东海道副使汪鋐身上。这位被调往地方的京官虽然没有军事履历，却也尽心尽力的开展准备工作。他一面集中了实力不足的当地水师部队，又从附近的乡里招募了乡勇和民船进行补充。由于明朝长期奉行海岸线专守的海防策略，所以水师部队主要来自沿海的海防要塞“水寨”，缺乏大规模海战的经验。汪鋐虽然凑出了50艘战船，但良莠不齐，也缺乏必要的训练，只有依靠自己的数量优势来压倒敌人。好在屯门岛上的葡萄牙兵力更加薄弱。他们总共只有3艘不大的船，还都是从南洋地区购买的中国式帆船。