公元1881年，崩逝于钟粹宫，死因成谜，葬于普祥峪定东陵，上谥，经宣统加谥，最终谥号为”孝贞慈安裕庆和敬诚靖仪天祚圣显皇后“。
因为慈安太后死的太过突然，所以不管是在当时，还是现在，对于慈安太后的死，一直存在着很大的疑问。《述庵秘录》记，三月初九日早上，慈安太后还召见各军机大臣，共商国事，身体并没有很大的问题，只”两颊微赤“。可是到了第二天，就”东太后感寒停饮，偶尔违和，未见军机“，晚上已经驾崩。
慈安太后的身体一直很健康，所以对于她的突然死亡，疑问颇多。《清稗类钞》记”时任军机大臣的左宗棠，听说慈安突然得病身亡，顿足大声说：‘昨早对时，上边清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？’“
因为某些原因，很大程度上，都认为是慈禧太后设计将慈安太后杀死，从而能独自掌握军国大权。《德宗实录》：”初九日偶染微疴，初十日病势陡重，延至戌时，神思渐散，遂至弥留。“这个记载是慈安的《遗诰》所记，不过这个《遗诰》却为慈禧所做，所以存疑。大多数的人都怀疑慈禧有可能为了掩盖某种阴谋，而肆意编造死因。比如说，慈安正是她杀死的。
但实际上根据当时的工部大臣翁同龢的日记所记，对于慈安之死，可能有一个比较准确的判断。《翁同龢日记》记载：”东太后感寒停饮，偶尔违和，未见军机“。药方，脉案”“晨方：天麻、胆星；（脉）按云类风痫甚重。午刻一（脉）按无药，云神识不清、牙紧。未刻两方虽可灌，究不妥云云，则已有遗尿情形，痰壅气闭如旧。酉刻，一方云六脉将脱，药不能下。戌刻（晚八时前后）仙逝。”根据这药方和脉象，从现代医学的角度来看，认为慈安太后很有可能是突发脑血管疾病死亡的。