光武帝除了通过尚书招揽大权外，还在宫廷内设置中常侍、黄门侍郎、小黄门、中黄门等宦官职务，由他们负责传达皇帝的旨令和诏书，阅览尚书进呈的文书。光武帝认为这些宦官们地位更低，他们不可能取得倾国大权，就更保证了他的集权统治。
刘秀以柔术治国，宽民众，而对官吏极严。东汉初年，他恢复了西汉时曾设置过的三套监察机构，还进一步予以加强。这三套监察机构是：（1）御史台——有侍御史15人，负责察举官吏违法事件，接受公卿、郡史奏事和解释法律条文。（2）司隶校尉——有从事史12人，主管察举中央百官犯法者和各部各郡违法官吏。他们既是京官，又是地方官，监察权力很大，“无所不纠，唯三公不察”。（3）州刺史——全国分12州，每州设刺史一人，他们遵照皇帝命令，代表中央，乘坐驿车，巡行全国各地。他们每年八月出巡，调查各地有无冤狱，同时考察各郡县官吏政绩，并根据政绩好坏，决定升迁罢免。他们在年底或翌年初回到京城，向中央汇报。刘秀对巡察制度非常重视，授予他们很大的权力。
朝中无论官员职位高低，一律严格按照法律办事。若有不遵守法律者，必会如实量刑定罪。曾任汝南太守的欧阳歙，世授《尚书》，八世皆为博士，德高望重，刘秀十分器重他，但在他度田不实、贪赃枉法的罪行被查出来之后，他立即被捕入狱。当时朝廷有上千名儒生守候在大殿门口，请求宽赦他，甚至有人情愿替他牺牲，但刘秀坚决对其绳之以法，予以处死。
由于刘秀加强了监察制度，对违法官吏要求甚严，从而保证了皇帝的权力和意志能够得以实现，这对中央集权制的巩固，起到了非常重要的作用。
解放奴婢 发展生产
当时，王莽改制就是因为土地问题（高度集中，兼并问题严重）和奴婢问题（奴隶化严重），这些西汉末年困扰统治者的问题，同样危及东汉政权的稳固。刘秀为此采取了一些措施，主要的就是解放奴婢、精兵简政和解决土地问题。
要解决农业问题，劳动力是核心因素。解决奴婢问题，理所当然是重之又重。西汉中后期，由于地主、官吏无限制地兼并土地，使大量农民丧失了自己的土地，他们本人也被卖给官僚、贵族、商人家为奴。奴婢在主人家过着非人的生活，稍有不慎，就有可能受到主人的毒打，甚至被当成牛马在市场上公开出售。奴婢问题，影响国家的安危和发展，汉哀帝和王莽新政都想解决，但都没能够解决这个问题。光武帝即位后，把解放奴婢作为一项大事来抓。