405年，击败桓玄，晋安帝司马德宗复位，任刘为侍中、车骑将军、中外诸军事、徐青二州刺史、兖州刺史、录尚书事。刘裕从此控制了东晋朝政，权倾天下。刘裕在历史上是个英雄人物，也算是个明君，但是刘裕在中国历史上起了一个很坏的头，两年之内连杀东晋二帝（晋安帝司马德宗、晋恭帝司马德文）而建宋，后来萧道成依样画葫芦，也两年之内连杀刘宋二帝。在这之前中国历史上还真没有杀死前君主的。
刘裕起自行伍，气吞万里，确实是一世人杰，但也因为行伍出身，对于政治问题缺乏远见，导致杀害人畜无害的晋安帝和晋恭帝，开此恶例，使南朝政治一直难免动荡。总的来说，刘裕的一生也是不亚于慕容垂的传奇，虽然是两种色彩不尽相同的传奇。