方枕流走后，刘双恩立即将情况向华润公司领导作了汇报。经中共香港分局批准，成立了由船长方枕流、报务主任马骏、二副席凤仪组成的“海辽”轮起义领导小组。杨琳在香港九龙南国酒家为方枕流饯行。席间，杨琳秘密接见了方枕流。他代表中共香港分局和香港工委，欢迎“海辽”轮弃暗投明。回到船上，方枕流立即召开核心骨干会议，统一思想，发动骨干秘密串联，层层开展深入的宣传工作，孤立极少数反动分子。
9月18日，“海辽”轮接到台北招商局电令，令其与其他在港船只于20日晨启航，去汕头运兵，驰援舟山。中共香港分局接到华润公司的报告后，认为“海辽”轮驶往解放区的时机已到，指示华润公司向方枕流传达上级指示：做好一切准备，选择安全航线，近日寻机开往大连；途中对“海辽”轮的船形进行改装，并用电讯迷惑台北招商局；驶入大连港前改名“安东尼”号。香港分局通过密电与中共东北局旅大区委取得联系，准备迎接“海辽”轮起义。
香港招商局13艘海轮同时拉响起义汽笛
1949年9月19日下午6时，香港招商局下班后，“海辽”轮未拉汽笛就悄悄启航了，乘着夜色闯过鲤鱼门。晚9时整，方枕流将全体船员集中在餐厅，庄严地宣布：“海辽”轮正式举行起义，脱离国民党反动派，开赴解放区！由于事先做了周密部署，控制了少数反动分子，局面很快稳定下来。
“海辽”轮按照事先选好的航线，乘风破浪，加速驶向菲律宾北面的巴林塘海峡。新任大副席凤仪率领船员涂掉船上所有的“海辽”字样，改装了船形。马骏指挥报务员两次向汕头招商局佯报：“‘海辽’轮主机发生故障，在同安湾抛锚修理！”
25日，报务员收听到受命驰援“海辽”轮的“海鄂”轮发给台北招商局的电报：“‘海鄂’轮已到同安湾，未发现‘海辽’轮。”方枕流判断，敌人已经怀疑“海辽”轮的行踪了。情况变得异常严重！
正在这时，香港海岸电台发布台风警报，说近期将有一股强台风在港汕一带登陆。方枕流大喜，下令加强收听，不再与任何电台联系。
27日夜，“海辽”轮驶进朝鲜西南海面，全船实行灯火管制。28日晨，一艘漆有“安东尼”号标志的海轮突然出现在大连湾，拉响了破晓的汽笛。经过八天九夜的航程，经过伪装的“海辽”轮胜利抵达大连港。船长方枕流将船员们在航程中精心制作的“海辽”轮的舵轮和救生圈模型，亲手交给前来迎接的中共旅大区党委书记欧阳钦，请他转呈毛泽东，并向毛泽东发去致敬电。