有人猜想，一是因为薛宝琴的确极为优秀。 在才貌上远胜薛宝钗不说，关键是身体健康，这一点又打败了黛玉。老祖宗认为，薛宝琴才是那个最配的上贾宝玉的人，所以才处处表现出对她的喜爱。
另一种说法是，贾母提出将薛宝琴配给贾宝玉，是她有意为之。实际上她是知道薛宝琴，早就许配给了梅翰林的儿子了的。在这种情况下，提出将宝琴配给宝玉的打算，实际上是为了让薛家看清楚，打消将宝钗塞给宝玉的打算。毕竟薛宝琴是薛宝钗的妹妹，越过姐姐，反而看中了妹妹，不久说明她根本没有想将宝钗配给宝玉的心思吗！贾母这样做，既能警醒薛家之人，又将黛玉隔离于外，不染丝毫纷争。
对于薛宝琴这么一个得到作者很大喜爱，近乎完美的人，她的结局如何也引得众人争论。关于她的最终结局，作以下几种猜想。
一、依照婚约，嫁给了梅翰林之子
早在薛宝琴出场没多久，通过薛姨妈的口述，便说了宝琴与梅翰林之子，自幼许有婚约。在续写本中，通过王夫人之口说：“那琴姑娘，梅家娶了去，听见说丰衣足食，很好。”正是因为薛宝琴嫁给梅家子过的很好，所以尽管她才貌胜过宝钗，也没有入得正册之列。因为她不是薄命的女儿，反而结局不错。
二、薛家败后，去了海外
她所作的《西江月》有句曰“明月梅花一梦”，恐暗示她最后并未嫁入梅家。怀古诗的“不在梅边在柳边”，以及“幽梦冷随红袖笛，游仙香泛绛河槎”等暗示她最后伴在柳湘莲身边，云游海外。
三、嫁给了贾宝玉
这个结局的猜测，主要来源自贾母对薛宝琴的态度。首先贾母提出了要将宝琴配给宝玉，后又允许宝琴这个外人，进入宗祠中。这后一个表现，有人认为是暗示宝琴以后也是贾家自家人。