而“坑儒”的原因则是因为有两个术士惹怒了秦始皇。秦始皇派遣徐良福去寻找长生不老之药，术士卢生和侯生就因为骗秦始皇要去寻找长生药，他们多次觐见始皇，不但得到了始皇的信任还获得了许多的封赏。但是假话就是假话，所以他们就悄悄逃走了。秦始皇知道了这件事情之后很是生气，就把火气都撒在儒生身上，他颁下诏旨，命令御史拿问众儒生。御史等人知道秦始皇对这些儒生恨之入骨，就想尽办法严加拷打，屈打成招，几乎都定为了死罪。秦始皇将四百六十多个儒生，全部赶到深山谷底，派人从上面抛掷土石，就这样，四百多人的读书人全部葬身在无名深山中，这就是第一次坑儒。
你以为只死了这么四百来个儒生就能够让秦始皇消气吗？那可是秦始皇，惹怒了他自然就要承受相应的后果。不过这群儒生就惨了，秦始皇分明是想杀鸡儆猴，他们就是牺牲品。
秦始皇想将天下的儒生杀光杀尽，但是他怕没有罪名就抓来这些儒生会遭到民众的反抗，于是就想了一个办法。他命令各地的官员向中央推荐优秀的儒生，然后把这些儒生接到咸阳来。最后被送到咸阳的儒生有七百人之多。当年冬天，有一则消息称马谷地方严冬生瓜，是难得一见的奇观。秦始皇问这七百个儒生，他们都回答不上来是什么原因，于是秦始皇就派他们去马谷看看。一个惊天的灾难就要降临在他们头上了！
马谷早有秦始皇的人马，他们在七百儒生到了马谷的时候，上面有无数的土石落下，一下子就把这七百人给活埋了！这就是著名的“马谷坑儒”！
秦始皇焚了除了秦国的书以外的其他书，只留下了种树，卜筮及医书这几种书幸免于难。