更始皇帝刘玄，本是没落贵族，并无本事。只是当时的绿林起义军为了招集民众，同王莽新政斗争，急需一个刘氏宗室子弟作为皇帝，便策立刘玄为“更始皇帝”。据说，刘玄在举行登基仪式时，吓得战战兢兢，冷汗直流。
刘玄当了更始皇帝，大赦天下，连封数王，连宫里的厨师、火佚都封了爵位。当时长安的老百姓编了一首歌谣：“灶下养，中郎将；烂羊胃，骑都尉；烂羊头，关内侯。”这样的皇帝仅仅是个木偶，很多绿林军的将领和各郡县的官吏根本不听他的命令。当时刘秀、刘演弟兄俩的军队实力很强，但却被封了个很低的官职。各路起义军心中虽有自己的算盘，但在反对王莽新政问题上目标是一致的。
王莽死了之后，刘玄每日不理朝政，只知寻欢作乐，重用无能之辈。不少人见刘秀日益强胜，多次劝刘玄杀掉刘秀，刘玄却迟迟下不了决心，最后派刘秀出使河北，行大司马职。可刘秀到河北后，镇抚州部，巡察地方，上自郡守，下至平民，不收受百姓敬献的牛肉与美酒，广施恩惠，终于控制了河北并登基称帝。然后，刘秀又举兵攻占邯郸、河内、温邑等地。这时，由于刘玄无能，赤眉军又立一个叫刘盆子的牛倌作为皇帝，也举兵攻打长安。刘玄左右受到攻击，最后投降了刘盆子，被改封为长沙王。 刘秀得知更始皇帝下台，便一鼓作气，命吴汉、冯异等11位将军攻打洛阳。这时的洛阳由更始皇帝的骁将朱鲔把守。由于朱鲔拼命固守，刘秀部队连攻数月，一直没有攻下。后来刘秀听说部将岑彭当年曾是朱鲔的校尉，便派他去劝降。朱鲔对岑彭说：“大司徒（指刘）被害，我参与筹划，更始帝派刘秀去河北，我又阻拦过，并进谏铲除萧王，这些罪过，我想萧王是不会原谅的，因此不敢投降。”汉光武帝得知此事，便托岑彭向朱鲔说：“要干大事的人，不能计较小过。朱鲔如降，官爵不动，我可以对黄河水发誓，绝不失信！”朱鲔听后。叫人用绳子把自己捆起来，到达河北汉光武帝营帐听候发落。光武帝见到朱鲔急忙下座，亲自解开绳索，向他表示慰问，并拜其为平狄将军，封扶沟侯。
至此，以更始皇帝刘玄为代表的一派势力，在赤眉和刘秀的攻击下被平息了。 在群雄并立的大地上，赤眉军也是一支强大的农民武装力量，严重威胁着刘秀新建的东汉王朝。