皇帝已死，这太子的事情就归皇后说了算，何皇后立自己的孩子刘辩为皇帝，何皇后也改称为何太后，临朝处理政务，但国家大权实际上已为何进掌握。而刘协则遵照遗诏将刘协托付给宦官上军校尉蹇硕。汉灵帝一去世就引发了一场大的动荡，宫内是你杀我，我灭你，反正种种势力互相掐架，此时他的那个同父异母兄弟刘辩的日子却是一天比一天难过了。
直到董卓出现，两兄弟才算是摆脱困境，董卓起兵，杀到皇宫，这个小皇帝刘辩哪里见过这样的大场面，吓得腿哆嗦，连董卓问他话时都说不利索，刘协呢则一一回答，从始至终，毫无遗漏，董卓权衡了一下，当然就想废少帝，另立刘协为皇帝。
回到京城后，董卓的军队完全控制了局势。接着，董卓又以司空的身份召集百官开会，议改立陈留王刘协为皇帝。大臣们迫于董卓的淫威，不敢言说，董卓就拥立刘协为帝，是为献帝，时年9岁。从此，刘协开始了他作为傀儡皇帝的漫长生涯。
刘协登基后，董卓自封为丞相，后又加封为太师，完全控制了中央政权。刘协在董卓专权的的日子里战战兢兢地生活了两年，这期间他目睹了董卓的种种暴行。有皇帝在手的董卓，倚仗自己的势力在京城为所欲为，短短的时间，整个京城是一片狼藉，被蹂躏得千疮百孔，人民也怨声载道。初平元年，各地的州郡牧守以讨伐董卓的名义纷纷起兵。
而在董卓阴影下成长的刘协，一边目睹着董卓的暴行，一边成长，他自知是个没有实权的皇帝，也感到自己的懦弱，他也不甘心活在董卓的淫威下，他也想行使天子的职权，况且这天下本就是该由他执掌。兴平元年，因为董卓治国无方，根本不管国事和百姓的生死，许多地方发生饥荒还出现人吃人的现象，刘协知道后，深感不安和愧疚，他觉得他有权力去阻止这样的事情发生，于是下令开粮仓赈灾，却收效甚微，刘协怀疑侯汶贪污，竟然亲自于御前量试做糜，并证实发放中确有克扣现象，于是下诏杖责侯汶五十，重新赈灾，灾情终于有所改善，善良的刘协，此时才14岁还是个孩子，却让大臣们都记住了他，那个不肯屈服于命运的君王。
兴平二年，李傕、郭汜由于相互猜忌而兵戎相见，刘协又一次被挟持，并随之颠沛流离长达一年多的时间。作为傀儡的刘协，不仅连尊严也没有了，连基本的生活保障都很难说，自嘲自己哪是天子之命，一条落水狗还差不多。年少的刘协明白了什么叫尊严，堂堂一国之君沦落到如此境地，他愤怒，以绝食抗议。他怀揣着坚定复国的信念，坚决不向命运屈服。