就这样，被女色掏空了身体的朱载垕，匆匆走完了六年的帝王生涯，把大明江山留给了年仅九岁的皇四子朱翊钧，终年只有三十六岁，后被谥为庄皇帝，庙号穆宗，葬于北京昌平昭陵。
明穆宗朱载后在位期间，革弊施新，廉政官员给予奖赏和提拔，贪官给予罢免官职，“赃多迹著者部院列其罪状，奏闻处治”。蠲免救济，减少百姓灾后的痛苦。军事上外击蒙古，巩固边疆，抗击倭寇。可以说他唯一的爱好就是女人，他最大的优点就是他的无能。万历二年（1574），张居正主持修纂《穆宗实录》，对刚刚过世的穆宗有极高的评价：“上（穆宗）即位，承之以宽厚，躬修玄默，不降阶序而运天下，务在属任大臣，引大体，不烦苛，无为自化，好静自正，故六年之间，海内翕然，称太平天子云。”