第一种说法，大多见于清朝史籍中。对于这位清太祖之死，众多史籍无一例外皆是说他身患重病，最后不治身亡。努尔哈赤在与袁崇焕战斗的宁远之战中，败给了袁崇焕，心里郁郁不愤。又因为常年征战，年迈体衰，鞍马劳顿，积劳成疾。那年7月，努尔哈赤身患毒疽，前往清河汤泉疗养。8月病情突然加重。与前来迎接的大妃阿巴亥相见后，行至离沈阳40里的地方死去。
第二种说法，就大多是明史和其他国家的历史资料上的记载了。明人张岱的《石匮书后集·袁崇焕列传》中记载，红衣大炮打死敌人不计其数，还击中了“黄龙幕”，伤一“裨王”。敌军认为出师不利，用皮革裹着尸体，一路号哭着撤退了。一些学者分析，这个“黄龙幕”和“裨王”很有可能就是努尔哈赤。再加上金兵哭号，若只是一小首领，也不至于全军气势下降，立即撤退。至于为什么清朝记载的死亡时间和明朝记载的死亡时间不一样，很有可能是为了军心不散。这是古代皇帝和大将常用的手段，若是龙头死亡，会对全军有很大的影响。因此努尔哈赤的儿子和部下们，决定对努尔哈赤的死秘而不发，只对外称得了重病，力保军心不散。
至于其他死因还有很多，一说努尔哈赤中了明军大炮后，在那个时候没有抗生素，最后因为感染病菌，最后病死了。还有说是被袁崇焕气死的，说努尔哈赤兵败后，袁崇焕曾派使者给努尔哈赤送信。信中所写，大意就是你一个征战四方的老将，最后却败于我这个小子之手，尽显嘲讽之意。努尔哈赤看后，极为愤怒，最后郁郁而亡。不管努尔哈赤是怎么死的，总之他还没有灭掉明朝，完成自己的大愿，就在自己68岁的时候死了。想来他死的时候，怎么也会有那么一点不甘心吧！