相比于清朝皇帝后宫的妃嫔如云，同治帝的后宫并无几人，也许这是因为他年纪尚小的原因。他的妻子只有一位，即孝哲毅皇后，阿鲁特氏。
阿鲁特氏，为蒙古正蓝旗人，其父为清状元户部尚书崇绮。崇绮是清朝114名状元中，唯一一位以满蒙的族人身份，科举汉文，进而夺得状元之位，成为“惟一获得状元桂冠的蒙古状元”。他工诗善画，多才多艺，文化造诣极高。而阿鲁特氏作为他的女儿，出生清流，受父亲的教导和熏陶，文化修养也很高。史书记载：“孝哲皇后，幼时即淑静端慧，崇公每自课之，读书十行俱下。容德甚茂，一时满洲、蒙古各族，皆知选婚时必正位中宫”于同治十一年，慈禧封她为皇后。
这位皇后比同治帝大2岁，生于咸丰四年。这位多才多艺的姑娘，虽然由慈禧太后亲封为后，但实际上那只是慈禧太后迫于压力所为。所以孝哲毅皇后，阿鲁特氏，与自己婆婆慈禧太后的关系并不好。对于同治帝的死因，其中一种猜测便是，同治帝受太医医治渐好的时候，皇后前来探病。哭诉自己被婆婆苛责，同治皇帝劝她暂作忍耐，哪知被慈禧听了个正着。于是慈禧大步进来，拉着皇后的头发施暴，同治帝想要救助皇后，哪知跌落在床。等将太医唤来的时候，已是药石不进，最终身亡。虽然不知道此事的真假，但也可从中窥探出，慈禧太后与皇后的紧张关系。
阿鲁特氏是“辛酉政变”中被赐死的郑亲王端华的外孙女，本就不被慈禧所喜。而她又生性耿直，不顺从逢迎慈禧，使慈禧视若寇仇，时常刁难她。这位可怜的姑娘，忍受着婆婆的刁难，在丈夫死后不足白天，终于自杀于储秀宫，死后与同治帝同葬于惠陵。
《清宫词》里有一首诗，赞扬这位孝哲毅皇后，阿鲁特氏。
蕙质兰心秀并如，花钿回忆定情初。
珣瑜颜色能倾国，负却宫中左手书。
同治帝后妃列表
孝哲毅皇后，阿鲁特氏，蒙古正蓝旗人，其父为修撰、翰林院侍讲、封三等承恩公、累官户部尚书崇绮，祖父为副都统、前任大学士、军机大臣赛尚阿，郑亲王端华的外孙女，家世极为显赫。谥号：孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后。