朱由崧登基之后，不思如何光复明朝，收复山河，反而整日里沉迷于酒色享乐之中。南京百姓的赋税本来就沉重，但是被用于救灾济民，兴修水利的却没有多少，大部分都被用于供养废柴军队和皇帝大臣的享乐之中。
朱由崧继位后，先是追封自己的亲族，其后更开始大兴土木，修建宫殿，意图与明朝皇帝对等。而他治下的朝廷里的阮大铖、马士英等人，俱是无能自私之辈，鱼肉百姓，喂饱自己的家族，阮大铖更是利用自己手中的权利，卖官养肥自己。而朱由崧当时继位之时寻求的军阀，更是仗着自己的从龙之功，肆意妄为，“弘光”朝廷内外，无人能管辖约束这支军队，造成尾大不掉之势，成为巨大隐患。
1645年，有自称崇祯太子朱慈烺者至南京，朱由崧命令将其关入兵马司监狱，后命百官审北来太子于午门外，终裁断为伪太子王之明。宁南侯左良玉乃举兵于武昌，称奉太子密诏，以“救太子、诛士英”为名顺流而下，进逼南京。黄得功、阮大铖率兵御之，南明发生内讧。南明内讧之时，肃亲王多铎趁机率清军南下进攻南京，弘光帝朱由崧连夜弃都潜逃，百姓哗然。
不过朱由崧虽然逃开了南京，但是最终还是没有逃出清军之手，很快他就被清军抓住押解至南京吗，随后被以“欲起兵反清”的罪名斩首示众，葬于河南洛阳孟津东山头村。朱由崧建立的“弘光小朝廷”仅成立了八个月，便宣布瓦解。