朱由崧是明思宗崇祯皇帝自缢后，南明的首位皇帝，是明神宗朱翊钧的孙子，父亲是福忠王朱常洵庶长子，生母为姚氏。
公元1607年，朱由崧出生在北京，虽然他的父亲那个时候已经就藩洛阳，但是因为明神宗的偏爱，因此并没有即刻迁往洛阳，朱由崧就是在这个时间段里出生的。公元1620年，朱常洵被封为德昌王，朱由崧因为是庶长子，得以受封为福王世子。公元1643年，李自成攻破洛阳，福王朱常洵被起义军杀害，朱由崧与其母趁乱逃出，因此承袭了福王爵位。
公元1644年。李自成攻破北京，明思宗崇祯皇帝在眉山自缢，太子失踪。明朝灭亡。明朝灭亡，贼寇四起，明朝皇室子孙为了活命，纷纷过上了流离失所的生活，朱由崧自然也不例外。
朱由崧先是逃到卫辉投奔潞王朱常淓，但是没多久卫辉也不安生了，有了农民军进攻的消息，因此又潞王逃往淮安，与南逃的周王、崇王一同寓居于湖嘴舟中。不久周王朱恭枵薨于舟上，朱由崧上岸，住在杜光绍园中。
崇祯皇帝自缢之前，并没有指定明确的继承人，而最有资格继承皇位的太子又处于失踪状态，鉴于国不可一日无君，南京官员开始择选新帝。
崇祯皇帝子嗣均无消息，那么这个新帝人选必当从明神宗下选择。朱由崧的父亲朱常洵是明神宗朱翊钧最喜爱的儿子，同时也是朱常洛下的长子，朱由崧又是朱常洵的长子，因此朱由崧成为最合适的人选。虽说如此，但是议立新帝，还是引来了一番辩论。
对于这个情况，东林党人持反对意见。以东林领袖钱谦益为首，以立贤为名，主张立明神宗之侄潞王朱常淓。史可法并称福王“在藩不忠不孝，恐难主天下”。虽然朱常淓的血缘关系极远，但是他的贤名却引来了许多百姓支持，一时形成对峙之势。
朱由崧当时为了能争得皇位，因此在原总督京营太监卢九德的帮助下，直接向雄踞江北的三镇总兵求助。高杰，黄得功等本来就是野心勃勃的流窜军阀，如今有了能立“拥立之功”的机会，自然不会放弃。于是两方一拍即合，结为同盟。公元1644年5月，朱由崧在四镇的拥立下在南京继位，改元“弘光”，建立弘光小朝廷，成为南明的第一位皇帝。