西北工学院、西北农学院分拆出来之后，其他部分依然以“西北联大”称名。在此期间，“联大”的教学科研依然正常运行。
在西北联大第45次校常务委员会上，还决议以“公诚勤朴”四字作为联大校训；并聘请国文系主任黎锦熙，法商学院院长许寿裳两位著名学者制撰校歌。从后来发表的情况看，校歌为黎锦熙一人署名。《国立西北联合大学校歌》：
并序联黉，卌载燕都迥；
联辉合耀，文化开秦陇。
汉江千里源蟠冢，
天山万仞自卑隆。
文理导愚蒙，
政法倡忠勇；
师资树人表，
实业拯民穷，
健体明医弱者雄，
勤朴公诚校训崇。
华夏声威，神州文物；
原从西北，化被南东；
努力发扬我四千年国族之雄风！
这一切工作的情形，让人感觉这所“联合大学”完全可以正常开展下去。可事实并不如人愿。西北工学院、西北农学院从“西北联大”分拆出去不过一年，1939年8月，国民政府行政院决定，改国立西北联合大学为国立西北大学。原西北联大师范学院、医学院分别独立设置，更名为国立西北师范学院，国立西北医学院。
“西北联合大学”这个名称，就此消失。
“五校分立，合作办学”
有意思的现象出现了。尽管在官方文件中，由此之后，“西北联大”这个名称不存在了，但在后来很长时间，甚至以至于今的岁月，人们提起曾经在这里的高校，仍常常以“西北联大”称谓。譬如今天到西北工学院所在的古路坝天主教堂，人们会告诉你，这就是“西北联大”的所在地。即使在城固县城的几处当年学校旧址，人们也直称“西北联大”；就连见诸书刊的大量文字，写到相关学校情况时，也大都以“西北联大”统而言之。这其中的一个最基本的原因，是这里的学校名称虽然已变更，可原本共居于一座小城，一些设施通用，许多教师合聘，学校之间仅仅一墙之隔的现象比比皆是。在多数人眼里，他们都是外地迁来的教师、学生。他们的学校名称，那就是刚到来时响亮的“西北联大”。
事实也正是如此。虽然名称上已经分拆，可城固这座小城中，仍然涵纳着西北大学、西北师范学院、西北工学院等原“西北联大”的主干院校，居于汉中的西北医学院，居于沔县的西北农学院离这里也不过数十公里。后来有分开的学校又汇合一起，甚至出现两所学校由一位校长同时管理的特别情形等等，这样的现象几乎维持到抗战结束。所以，一些学者将此时直到抗战结束称为“西北联大”的“五校分立，合作办学”时期。