雷尼尔医生在工作报告中写道：“我们在很努力的探求之后，只好接受官方、医学界和外行的资料，这些资料都显示，虽然在广州时时有各种传染病流行，特别是在春天时。目前这个特殊的病此前从未见过。在此病开始爆发时，我们所接触的本地医师都表示对这个疾病一无所知。”在这种情况下，港英政府只好向其他国家求助，日本政府派遣了医学博士青山胤通和北里柴三郎，他们于同年4月中旬由东京航海至香港考察疫症情形。当他们6月13日抵达香港时，受到了香港卫生局长罗森博士的热烈欢迎，并且为他们在肯尼地医院（Kennedy Town Hospital）安排了一间实验室。不料二人两星期之后也出现疑似症状，先后被送往“海之船”（Hygeia）调理，“青山存亡尚未可卜测，以寒暑表其热气，尚多至一百零五度，至北里之病情亦与相同。”青山胤通不幸死于鼠疫，青山之死给了北里柴三郎更大的决心和勇气，最终他在显微镜下发现了鼠疫杆状物，“虫形纤小而长，首尾皆圆”，随后他将调研报告公之于众，深为各西医推许，当年上海的《申报》进行了全文报道。
与此同时，法国则派遣耶尔森（Alexandre Yersin，1836-1943）从河内到香港去调查鼠疫及其控制策略，目的是遏止它向越南东京湾蔓延。1894年6月15日，他和两位助手到达香港，仅有一台显微镜和消毒蒸锅，实验室也只是爱丽斯医院（Alice Memorial Hospital）内的一栋草房。样本的获取也很困难，他们在向总督申诉后，才被批准接触病人和病理学的资料。在如此艰苦的情况下，耶尔森仅用五天就分离出首尾圆形、轻微着色的鼠疫杆菌。他们通过解剖鼠尸，证明了疫死的老鼠和人感染的是同一种细菌。由于发现这种关联，他很快给鼠疫下了第一个科学的定义：“鼠疫是一种接触传染和可接种的疾病。很可能是老鼠构成主要的媒介”。他将这个发现写成一篇论文发表，并对这个疾病提出详细的治疗方法。虽然北里一行人也发现了鼠疫杆状物，但是耶尔森先人一步确定鼠疫和鼠疫杆菌的关系，故一般认为鼠疫杆菌的发现者是耶尔森，后世亦将鼠疫杆菌命名为鼠疫耶尔森氏杆菌（Yersinia pestis）。鼠疫与鼠疫杆菌之间的关系只是在耶尔森等人那里得到了较为准确的表达，但他们并没有认识到跳蚤在人与鼠之间的媒介作用，这要等到1903年，李斯顿（W.Glen Liston）才在印度确切地指出跳蚤是这种疾病的病媒。