但是，这个一度看似可以成为清廉衙门的海关，为什么后来却步入了穷途末路呢？
特殊的独立王国
鸦片战争前后的海关，本来都是由清朝地方军事长官管辖的。但当时的半封建中国，全国各地是半割据状态，海关也就各自为政。清朝在败于外国列强后，总是要割地赔款，赔款的来源之一就是海关征的税款。但海关各自为政，摊分的数额总是难以统筹到位，于是清廷无法按时偿还赔款，造成违约。尽管那些条约是强加于中国的，但西方强调契约精神，清廷为了不让自己的信用染上污点，决定引进外国人才（当然是来自战胜国的人才）。当时的总理衙门大臣文祥就说：“如果海关里没有外国人的帮办，如果不把这些机构置在一个划一的制度下，他们将无法处理赔款问题。”
在这种思想指导下，剥夺海关监督权的总税务司就登台亮相了。因为英国在华的商业利益最大，首任总税务司是英国人李泰国，赫德是第二任。海关的所有高级官员均从拿中国赔款的国家推荐而来，这样“对每一个国家的利益将是一种充分的保证”（赫德语）。因此，总税务司领导下的海关就成了“一个非正常的机构”，也可以说是独立王国。在中国国内，它只和总理衙门（相当于外交部）发生联系，其它任何中央或地方部门都无权过问。