在城外的人们比在城内的人稍稍好一点。在南京四周二百华里(约六十六英里)以内的所有村庄，大体上都处于同样的状态。居民为了躲日本兵，逃到了乡间。在各处他们都组织了难民村。日本人占领了许多这样的村落，对于这些难民也施以象对待南京居民一样的办法。从南京逃出的平民中，有五万七千人被赶上和被拘禁。在拘禁中，他们遭受了饥饿和拷问，以致许多人都死掉了。许多未死的人，又被机关枪和刺刀杀死了。
好些中国兵在城外放下武器投降了。在他们投降后七十二小时内，在长江江岸被机关枪扫射而集体的被屠杀了。这样被屠杀的俘虏达三万人以上。对于这样被屠杀的俘虏，连虚饰的审判都没有实行过。
据后来估计，在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。根据这些团体的报告说，尸体大多是被反绑着两手的。这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法处分的人们计算在内。
由于日军的屠杀暴行规模和范围巨大，且发生的频率非常高，滞留在南京的国际人士对此有大量记述。
美国的约翰·马吉牧师是南京国际安全区的重要成员，他也是南京大屠杀影像的拍摄者，东京审判之时，他作为证人前往远东国际军事法庭作证。他的日记中大量记述了日军的屠杀暴行。
1937年12月19日，星期天。马吉牧师已经连续几天听到机枪作响，他估计日军用机枪屠杀了五六千人，加上街面上被日军随意屠杀的中国人，总数应该超过两万。
12月31日，星期五。马吉牧师在金陵大学医院，见到了一位浑身是血的十三四岁的男孩。这个孩子在常州被日军抓来干活，他给日本人干了三个星期。有一天他对日本人抱怨，已经两天没吃过饭，并要求回家。一个日本兵当即用铁棍打他，并用刺刀刺穿了他的耳朵。他还见到了一位被日本人浇上汽油焚烧的小船主，他全身被烧得漆黑，很快死在医院。
南京国际安全区的另外一个重要成员、金陵女子文理学院的教务长魏特琳教授救助了大量中国妇女和儿童，以及其他难民。她被誉为“南京活菩萨”。她也有记日记的良好习惯，她的日记也是重要的南京大屠杀的证言，她记下了很多日军屠杀中国军民的战争暴行。