在远东国际军事法庭判决书中，南京大屠杀、巴丹死亡行军、缅泰死亡铁路这三个战争暴行是远东国际军事法庭具体提到名字，并有专门章节文字加以叙述的战争暴行。在西方历史学界，这三个战争暴行被统称为二战日军远东三大战争暴行。南京大学荣誉资深教授、中华民国史研究中心名誉主任、蜚声国际的中国近现代史泰斗张宪文先生领衔主编了72卷本的巨著《南京大屠杀全史》，几乎穷尽了以各种语言留存的南京大屠杀史料。本文以张效林先生翻译的《远东国际军事法庭判决书》和《南京大屠杀史料集》为依据，从国际人士证言证词的角度对日军的屠城暴行进行探讨。东京审判判决书的结论是：日本兵完全象一群被放纵的野蛮人似地来污辱这个城市……这不是个人的而是整个陆军、即日军本身的残暴和犯罪行为……“日军”就是“兽类的集团”。
血腥屠杀
日军在南京的屠杀行为分为有组织的大规模屠杀和个体士兵的零星屠杀两种类型，这两种类型的屠杀，受害者的数目都非常巨大。《远东国际军事法庭判决书》如此描述日军的屠杀行为：
南京市像被捕获的饵食似地落到了日本人的手中，该市不象只是由有组织的战斗所占领的；战胜的日军捕捉他的饵食犯下了无数的暴行。日军单独的或者以二三人为一个小集团在全市游荡，实行杀人、强奸、抢劫、放火。当时是任何纪律也没有的。许多日军喝得酩酊大醉。日军在街上漫步，一点也未被开罪并且毫无缘由、不分青红皂白的屠杀中国人的男女和小孩，终至在大街小巷都横陈着被害者的尸体。据另外一个证人说：中国人像兔子似的被猎取着，只要看见那个人一动就被枪击。由于这种不分青红皂白的屠杀，在日方占领南京市的最初两三天内的期间，至少有一万二千人的非战斗员的中国男女和儿童被害了。
对于一般男子的有织织的大量屠杀，显然是得到了指挥官的许可而实行的。它的借口是中国兵脱下了军服混入在平民之中。中国平民被集成一群一群的，反绑着手，押运到城外，用机关枪和刺刀集体的被屠杀。据现在所知道的，达到兵役年龄的中国男人，这样被害的达两万人。