三曰司法腐败，徇私枉法。在古代中国的皇权社会中，各级政府既是行政机关，也是司法机关。封建专制政体的特征之一就是行政、司法合一。先不说皇权法律的“私”法性质，地方官员也基本上将法律作为谋取私利的工具。阳谷知县因收了西门庆的银子，尽管武大郎被害证据确凿，却不肯立案，终于迫使武松走上了杀人维权的“非正当途径”。负责审理此案的东平府尹陈文昭，只因对武松有些许好感，遂勾结省院刑部，上下其手，在司法文书上做手脚，武松的死罪变成了活罪，只判了刺配孟州牢城。那位“为官清正，做事廉明”的郓城知县，在宋江杀害阎婆惜命案中，官官相护，故意纵放，真正的杀人凶犯宋江逃之夭夭，却让旁观者唐牛儿做了替死鬼。
县级官员如此，府州官员也好不到哪里去。作为孟州驻军军官的张都监、张团练，勾结黑恶势力，为争夺快活林，当了蒋门神的保护伞。在北宋司法腐败的链条上，小说中有两类人体现得更为直接与明显。一类是当案孔目。孟州的叶孔目之于武松案，登州的王孔目之于解珍解宝案，大名府的张孔目之于卢俊义案，都是吃了原告吃被告，以游戏法律程序，玩弄法规律条为能事。只有开封府的孙孔目在林冲一案上，其表现尚可圈点，他不仅一语道破了北宋司法的实质，而且予林冲本人以实际帮助。再一类是押解公差。如果说押解武松的公人是出于敬佩武松的为人而不曾为难于他，押送宋江的张千、李万则因收受了宋江的银子而擅自为其开启枷锁。江州知府查问时，两位公人还曲为遮掩，“于路上春雨淋漓，却被水湿坏了”。
通览全书，最大的司法不公体现在林冲冤案中。高俅作为北宋最高军事长官，只为满足养子霸占林冲之妻的目的，竟然对林冲栽赃陷害，并对具有管辖权的开封府颐指气使，直接干预案件的定性与程序，不仅酿成了《水浒传》的最大冤案，而且在林冲刺配沧州之后，又几次三番派人谋害。正是由于高俅的徇私枉法，才制造了一起名副其实的“逼上梁山”。有执法权的如此，无执法权的也是如此。武松孟州入监，施恩为之上下打点；宋江郓城杀人，朱仝为之上下打点；宋江充军江州，吴用为之上下打点；卢俊义北京蒙难，柴进、李固都要打点，不过，一个是要他活，一个是要他死。只要有案子，就会有打点；只要有打点，就会有冤案。每起案件，都会有涉事官员盆满钵满，都会有无辜百姓啼饥号寒。