亲蒋势力出现极大分化
通过以上人事结构调整，可以看出国民党的政权结构已经发生很大变化。
一是，李登辉的最高领导地位得到进一步确立。他继任“总统”是靠接收蒋经国的政治遗产，代理党主席险遭封杀，但此次却是以“十三全大会”形式选举为党主席并主导会议，在党内的领导地位得到肯定。
二是亲蒋势力出现了极大的分化。变化最大的是蒋经国原设计的集体接班格局出现重大裂变。最有代表性的是，集体接班中最为关键的中央党部秘书长李焕倒向李登辉。蒋经国生前安排李焕为国民党中央秘书长，目的就是维持派系均衡。然而，他先是放任宋楚瑜，使李登辉顺利抓到代理党主席大权；在“十三全大会”上，支持李登辉打压票选；而后，又急于排挤俞国华“组阁”。多年追随蒋经国的李焕尚且如此，另一个深得蒋经国信任的宋楚瑜更是充当倒蒋与拥李的急先锋。
第三“本土化”趋势十分明显。国民党“十三全大会”正式决定由本省籍人担任党主席，在中常委中本省籍成员首次超过半数，中央委员中本省籍成员首次超过1/3。“本土化”开始于蒋经国上任之初，是为了缓和省籍矛盾。而李登辉的“本土化”，着眼点是把国民党视为“外来政权”，为了改造“外来政权”，必须以本土势力来取代外省籍，巩固权力基础。
俞国华最先被赶下台
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固，他开始全方位、多层次打压党内的所谓非主流派势力，国民党内从此不得安宁，台湾政坛从此不得安宁。“总统府秘书长”沈昌焕是蒋家两代重臣，也是宋美龄宠信之人，一直控制台湾的“外交”事务。1988年10月，李登辉借故逼他辞职，安排亲信李元簇继任秘书长。
李登辉的目的是要逐渐清除“接班四人帮”。当他的权力得到相当的巩固后，把清除亲蒋派的目光瞄向了“接班四人帮”中当时处境最不乐观的俞国华。亲李派不断出面制造“俞国华是国民党的负债，而非资产”的假象的同时，又利用“立法委员”吴春晴质询俞国华涉嫌早年曾包养酒家女的绯闻引爆风波。万般无奈之下，俞国华于1989年5月17日向李登辉提出辞职报告。5月26日，李登辉顺水推舟，准许俞国华辞职。