马化腾本人也比较接近比尔·盖茨的气质：害羞、温和、聪明，内心激情澎湃，有着必胜的雄心壮志。今天的马化腾在腾讯任董事会主席和CEO，但更多的是扮演另外两个角色：一个是首席架构师，另一个是精神领袖，在这一点上也和退休前的盖茨很像。
在互联网大佬中，马化腾是个另类，他从不发脾气，为人儒雅，但每一步都有计划。腾讯有集体管理的传统，亲情、友情多于上下级和铁的纪律这些东西。女员工喜欢叫老板“小马哥”，男员工多叫他英文名Pony，是“小马驹”的意思。
在腾讯公司的年会上，需要有一个老板和美女员工拥抱的应景镜头，马化腾羞羞答答，怎么也不同意，还是在王丹婷的鼓励下，才上了台。
人有七情六欲，生气在所难免。但在很多腾讯员工看来，他们的老板马化腾是一个几乎从来不生气的人，只有一次例外，企鹅与奇虎对决。
2010年6月腾讯升级QQ安全管家产品。9月27日，360推出“360隐私保护器”，10月29日推出“扣扣保镖”。
当天，马化腾从香港紧急赶回深圳总部，以图应对之策。马化腾很生气，这是他创业以来，遇到的最危险的挑战。一向冷静的他，不冷静了。 腾讯联合金山、百度、可牛等公司联合发布《反对360不正当竞争及加强行业自律的联合声明》，腾讯还让网民作出非此即彼的选择。最后，由于政府的行政介入，QQ与360“大战”结束，恢复兼容。这次马化腾的生气， 给员工们的印象太深刻了。
王丹婷觉得，忙于事业的男人有一个好处，就是在家里没有时间生气和吵架了。
腾讯的创始人因为自己的产品而喜结姻缘，这样故事对媒体来说十分劲爆，是一则好新闻。但马化腾不屑如此，他一贯信奉：低调为人，高调做事。
马化腾唯一“高调”的地方是做慈善，他曾邀请壹基金发起人李连杰访问腾讯，访问时拍过一组新闻照片，照片在网络上广为流传。
2006年，腾讯发起成立了中国互联网首家公益慈善基金会：腾讯公益慈善基金会。
在马化腾夫妻的倡议和带领下，腾讯公司和腾讯员工的累计捐赠超过一亿元，用于开展教育发展、救灾扶贫等公益项目，并建立了腾讯公益网，倡导“人人可公益，大家齐参与”。