在人物造型上也与传统的《西游记》题材迥然不同。田晓鹏说，前期制作团队光是孙悟空就画了几十个版本——从最开始暗黑、狂野的黑猩猿，到后来魔性、夸张的长臂猿，再到最后这个长脸大叔，无一例外的“不漂亮”。他想要一个东方式的英雄：桀骜、沧桑、悲情，但绝不屈服，更不会放弃梦想。
《大圣归来》经历了4年筹备，4年制作，时间跨度很大。那一年，田晓鹏36岁，他回到老家，找一位上市公司老板的亲戚借了一笔资金，又压上自己的全部身家和公司股东的钱，开始全身心投入制作《大圣归来》，预期成本是500万。当时，他印象中最好的国产三维动画电影票房也就1000多万。
监制金大勇说，自己纠结的是“怎么能做出来”，可田晓鹏纠结的是“怎么能更好”。“改没有问题，但下面干活的孩子们承受不了了——他们觉得，同一个镜头，做了5个月了，怎么还在改?”金大勇说：“改十来遍以上是常事。”
田晓鹏越做要求越高，影片中80%的镜头都经过了反复的修改。他说：“其实500万也是可以做出来的，但就不想做成那样的东西。”有一场“山妖在山林间追逐小唐僧”的戏，是一个完全连贯的长镜头，改一点点都会造成所有部分的调整。渲染一帧画面需要12小时，长镜头几百帧推翻了重新渲染，特别吓人。那个镜头有4组人在做，第一组人做不动了就换下一组，谁做谁崩溃，在制作过程中离职了四五个动画师。最后这个长度1分多钟，1500多帧的片段足足做了半年。
公司遭遇的最大离职潮，是同时有20多人出走。一个朋友对他说：“整个公司就是被你毁掉的，你看看周围那些公司，比我们起步晚的现在都发展得很快、很挣钱。”连自己身边最好的兄弟都不能理解，田晓鹏觉得有很强的挫败感。
整个电影做完，离职工作人员多达100多人，从前期设计一直跟田晓鹏坚持到最后的只有两个人。
《大圣归来》一直是在资金非常紧张的情况下完成的，他把父母、岳父母的钱都用了，就像“从自己碗里抠出几粒米出来”。去年秋天，好友杨莺歌跟田晓鹏讨论剧本，发现公司复印机已经坏了很久，没钱修，只能下楼复印材料;电视遥控器没电了，员工自己掏钱去买5号电池。