次年，珍妃恢复原来的名位。戊戌变法时，她积极支持光绪帝变法，百日政变后再次囚禁在紫禁城北三所，与光绪帝隔离开来。她穿着戴罪妃嫔的服饰，囚拘的屋子只有一扇窗户，吃饭、洗脸都由太监传递进去。据一个晚清宫女回忆：
最苦的是遇到节日、忌日、初一、十五，老太监还要奉旨申斥，就是由老太监代表老太后，列数珍妃的罪过，指着鼻子、脸中斥，让珍妃跪在地下敬听。指定申斥是在吃午饭的时间举行，申斥完了以后，珍妃必须向上叩首谢恩。这是最严厉的宗法了
珍妃度过了两年囚禁生活，其时八国联军进逼北京，西太后唯恐光绪帝在列强支持下取代自己的统治，决定挟持其西逃。临行前，后宫妃嫔都来请安，珍妃也从囚所带到了现场低头跪着听训。西太后冷冷说：“洋人快进城了，兵荒马乱，在这里万一受到污辱，丢了皇帝的体面，可就对不住祖宗了。我们要避一避，你年轻，带你一块儿走不方便。”这纯粹是托词，珍妃姐姐瑾妃只比妹妹年长二岁，也随同西逃。
珍妃说：“老祖宗可以离京暂避。皇上应该坐镇京师，力挽危局!”
西太后脸一沉，冷笑着抢白道：“你死在眼前还胡主张什么?”说着，指指院中那口井说：“赐你一死，下去吧!”
珍妃说：“我没有应死之罪!”
西太后说：“不管你有罪没罪，都得死!”
珍妃说：“我要见皇上，皇上没让我死。”光绪帝也在一旁战粟地跪下哀求。
西太后大怒道：“起来，这不是讲情的时候。让她就死罪。也好惩戒不孝的孩子们。还让那鸱枭看看，他到羽毛丰满时，就啄他母亲的眼睛。”
这时，珍妃知道，即便钟爱她的皇上也救不了她的命，就跪在西太后面前不断哀告：“皇爸爸，皇爸爸，饶恕奴才吧……”
西太后气狠狠地呼喝道：“你死去吧!”大太监崔玉贵挪开井盖，幸灾乐祸地对珍妃说：“请主儿遵旨吧!”
珍妃又转向西太后最宠幸的李莲英连声呼唤：“李安达!李安达!”安达是对太监的尊称。她还指望李莲英能在西太后面前说一句话，留下她的性命。李莲英却冷冷地向那口井一扬脸，意思说：你就快点死吧，不能为你一人，误了大家逃命。