元寿二年，汉哀帝无子而亡。王政君闻哀帝死讯后，迅速移驾未央宫，部署王氏子弟控制中枢。哀帝临终前将玉玺交给他的男宠大司马董贤，王政君又将王莽召进宫中，名义上协助董贤，实际上王莽入宫就从董贤手中夺取兵权。
随后董贤自杀，王政君所深恶痛绝的赵飞燕和哀帝傅皇后被逼死王政君依然被尊为太皇太后，并以中山王刘衎为帝，是为汉平帝。王莽很是讨好王政君，为了自己能够登上帝位，不惜用尽一切方法，最后如他所愿，元始五年（公元6年），汉平帝死后，孺子婴继位，众人请求王莽辅佐。王政君不答应，但无力阻止。这种原本可以避免的亡国悲剧，既让她悔恨终生，也让历代史学家们叹息不已。
始建国元年（公元9年），王莽篡汉建立新朝，便让安阳侯王舜去向太后索取玉玺。王政君责骂王莽，盛怒之下把玉玺给摔碎了一角，无能为力的王政君眼睁睁看着玉玺到了王莽手中，王莽称帝后大肆庆祝，又改王政君称号为“新室文母太皇太后”，自从王莽篡位后，知道王政君怨恨自己，常常刻意讨好王政君，但王政君却越来越不高兴。始建国五年（公元13年），王政君逝世，年八十四岁，与汉元帝刘奭合葬渭陵。王莽诏扬雄作诔文。