朝廷诸位大臣和太后都坚决选立朱常洛为太子，而皇帝则坚持不许。这个问题一直纠缠了十四年，这期间君臣争论无数，光是因为这个问题逼退的官员就有首辅四人，部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配。
一直到了后来，太后亲自质问，皇帝最终才因为涉及母亲痛处，而勉强同意。
在立储问题斗争的十四年间，王氏遭到皇帝厌弃，更是被极为受宠的贵妃郑氏处处刁难。明明贵为皇妃，却连应有的待遇都没有。《先拨志始》以一句话概括为“一应恩礼俱从薄”。而她的儿子朱常洛，要不是有当时的皇后王喜姐护着，怕是连长大成人都活不到。
自己的儿子成了太子，照理来说应该给太子生母封位。但是神宗就连给王氏封位的问题，都一直拖了许久。直到后来大臣一而再再而三的上奏，实在推不了了，这才借着给李太后加徽号的机会，顺便将王氏封为皇贵妃。
虽然被封为皇贵妃，但是王氏的境遇却极为悲惨。她不仅没有得到贵妃的待遇，并且还被幽禁在深宫中，受到丈夫冷落、宠妃迫害、奴才欺凌，甚至哭瞎了双眼。在她身患重病时，神宗也没有去看望过她。
万历三十九年，王氏病危，太子朱常洛请示了许久，这才得到神宗同意，前往景阳宫探望自己的母亲。这个时候的王氏双眼已瞎，她连见自己孩子的最后一面都不能。只有拉着自己孩子的双手，哭泣着嘱咐自己的孩子，要他万事小心，自己保重。母子两人抱头痛哭，最后王氏竟气绝而死。
王氏虽然从一介宫女，到恭妃再到皇贵妃，看似一生显赫，实际上却生生被幽禁在皇宫中三十多年。还没有等到自己的儿子继位，过上一天好日子，便凄惨离世，享年47岁。最惨的是，明神宗就连她的身后事都极为苛刻，若不是大臣阻扰，怕是会草草了事。尸身放到腐烂了，才埋在明十三陵陵区内东井左侧的平冈地，谥号为“温肃端靖纯懿皇贵妃”。 神宗不派人守坟，也不拨给守坟的费用。直到自己的孙子继位，才被追谥为“孝靖温懿敬让贞慈参天胤圣皇太后”。