嘉靖帝的第三位皇后是德妃方氏，后来发生“壬寅宫变”，将责任推给皇帝极为喜爱的端妃，使得端妃被凌迟而死。此事被嘉靖帝知道后，对其怨恨异常。五年后，皇后居住之所发生火灾，嘉靖帝竟阻止太监救火，最终使这位方皇后被活活烧死。
朱厚熜的子嗣：
长子朱载基，母阎贵妃。出生两月便夭折，追封谥号哀冲太子，葬西山。
二子朱载壡，是母王贵妃。享年十七岁，追封谥号庄敬太子，葬西山。
三子朱载垕，母杜皇后，封裕王，后继位为皇帝，即明穆宗。
四子朱载圳，母靖妃卢氏。封景王，无子撤藩，谥恭。
五子朱载
六子朱载，母赵懿妃，封戚王，谥戚怀王。
七子朱载？，母陈雍妃，封蓟王，谥蓟哀王。
八子朱载，母赵荣妃，封均王，谥均思王。
女儿：
常安公主朱寿媖，母曹端妃。享年十四岁，未下嫁，嘉靖帝为此辍朝一日，诏治丧如归善公主例。
思柔公主朱福媛，母王徽妃，年仅十二岁便去世，逝世后追封为思柔公主。
宁安公主朱禄媜，生母曹端妃，嘉靖三十四年，下嫁李和，生子李承恩。
归善公主朱瑞嬫，母陈雍妃，四岁夭折。
嘉善公主朱素嫃，母德妃张氏。嘉靖三十六年，下嫁许从诚。