这位一手建立了大清王朝的帝王，清代官书记载为“无疾而终”。但由于皇太极死的太过突然了，因此对于他的死，后世存在着许多的疑问。而人们对他的死因，也是议论纷纷，提出了许多种说法。
第一种说法就是积劳成疾，得了慢性病。皇太极是崇德八年，完成了一天的政务后，晚上子啊清宁宫南炕突然死亡的。但据记载崇德五年，皇太极就“圣躬违和”到鞍山温泉疗养。崇德六年松山大战前夕，皇太极本来准备亲征的，后来却因鼻衄推迟三天。崇德七年，因“圣躬违和”，在大清门外大赦人犯；崇德八年又“圣躬违和”，不但正月初一免了庆贺礼，而且再次大赦，并向各寺庙祷告，施白金。由此可见，因为常年征战，勤于政务，皇太极的身体早就不好了，后来又因为宸妃去世受了打击，这些病一下子就爆发了。
第二种说法是，因为突发心脑血管疾病而死的。看皇太极的画像就可以看出皇太极较为肥胖，而那时候他们还没有入主中原，在关外的饮食大都以肉食为主，因此他应该患有高血压症。史书上又描述说他在大冬天行军打仗衣服也穿的很少，因此他很有可能是有“热血症”。 因此，他本来就患有肥胖症和高血压，而宸妃海兰珠的去世使他精神上也受到打击，再加上战事的紧张，由此突发心脑血管疾病死亡。
第三种说法，皇太极和宸妃感情极深。虽然两人相差16岁，但是海兰珠是皇太极的一生至爱。这点从许多方面都可以看出，海兰珠居住的宫殿是关雎宫。这个含义大家应该都知道“关关雎鸠，在河之洲，窈窕淑女，君子好逑”，另封号为宸，与元同意等等。海兰珠死去后，皇太极常常痛苦不已，因此最后伤心过度而死。
其他说法还有什么去大臣家做客，被美女刺杀身亡。还有多尔衮和庄妃联合起来，将其毒死的。这些说法都荒唐至极，没有史料考证，不可信。而几种最有可能的说法，都逃不掉身体和精神上的双重折磨，最终使这个建国帝王，丢下江山基业而死。