投降之后，宋恭帝被押解回上都。在元朝上都生活了6年，忽必烈“赐瀛国公赵显钞百锭”，随后宋恭帝便被忽必烈打发到西藏做了和尚，“瀛国公赵显学佛法于土番”，而他的母亲全皇后也被迫做了尼姑，母子两骨肉分离，天涯各自。
宋恭帝十九岁到西藏喇嘛庙里出家，得法号“合尊”，从此潜心佛学，忘掉前尘俗世。因为他的潜心学习，不仅于佛学上取得成就，并且还通过自己的先天优势，将汉文的佛家经典翻译成藏文，由此在西藏佛教中地位不低。
后来因为宋恭帝做了一首诗，怀念南宋故土，讽刺元军侵宋的无道，被元朝皇帝得知，进而被赐死。《佛祖历代通载》：“至治三年四月，赐瀛国公合尊死于河西，诏僧儒金书藏经。”
就这样，活了54岁的宋恭帝，结束了他47年的俘虏生活。