吴晗进入清华时，家道基本败落。胡适对这位弟子真是青睐有加，他在吴晗录取后没几天，即给清华代理校长翁文灏和教务长张子高写信：“此人家境甚贫，本想半工半读，但他在清华无熟人，恐难急切得一个工读机会。他若没有工作的机会，就不能入学了。我劝他决定入学，并许他代求两兄帮忙。此事倘蒙两兄大力相助，我真感激不尽。”此外，还大力介绍了吴晗的学术水准。
吴晗作为清华学子，全面师法的却是胡适这位北大先生的治学方法。胡适在给吴晗的信件中，对这位弟子进行了多方面指导：“治明史不是要你做一部新明史，只是要你训练自己作一个能整理明代资料的学者。”吴晗表示：“光耀所及，四面八方都是坦途。”可见胡适对他影响之深。
20世纪30年代，中国有着动荡中的平安。1931年爆发“九一八”事变，东三省沦陷，群情激奋。吴晗显然是一位爱国者，他积极支持同学们的请愿活动，自己却未厕身其间，但他毕竟是血气方刚的热血青年，在1932年1月30日给胡适的信中指责当局：“翻开任何国任何朝代的历史来看，找不出这样一个卑鄙无耻丧心病狂的政府。”并在信中希望“先生也同样地予以解决的方法并指示一条应走的路”。
胡适没有回答。他于1932年6月27日发表《赠与今年的大学毕业生》一文，继续倡导“科学救国”的理念，但胡适在“药方”中同时要求学生们“总得有一点信心”。
因着胡适的关照，吴晗在清华兼职工读，待遇颇为优厚，足够满足求学之需。吴晗毕业时，在自己的毕业照上题写着胡适的名言：“大胆的假设，小心的求证。少说些空话，多读些好书——录胡适先生语。”
吴晗真是做史学的料，聪慧勤奋，再加恩师教诲，他在清华求学期间便写下了《胡惟庸党案考》、《明代靖难之役与国都北迁》、《明代之农民》等一批相当有见地、在史学界有较大影响的文章。1934年吴晗毕业留校任教，开设明史和明代社会等课目，影响直追陈寅恪、张荫麟这些史学大家。
吴晗年轻时的一个重要史学成绩是关于“建州史”的研究。建州乃女真族先祖之地，努尔哈赤入关并建清王朝后，竭力否认建州曾在明朝管辖之内，并在清修《明史》中对过往历史进行篡改、伪造和歪曲。正如鲁迅指出的那样：“现在不说别的，但看雍正，乾隆两朝对于中国人著作的手段，就足够令人震惊。全毁，抽毁，删去之类也且不说，最阴险的是篡改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》是许多人颂为一代盛事的，但他们不但搞乱了古书的格式，还篡改了古人的文章，不但藏之于内廷，还颁之于文风颇盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很多很有些骨气的人。”中国的历史就是这样被一页一页撕毁的。