司马奕即位时，东晋王朝正处于皇权旁落的风口浪尖。当时，桓温身兼数职，从部队到后勤，从中央到地方，东晋几乎所有的重要职位都在他掌控之中。大将军桓温偏偏是一个狼子野心之人，在其淫威下，司马奕只能战战兢兢地看人脸色，而桓温却想取而代之。为了树立威望，为了捞取资本，桓温迫切需要一场更精彩的军事大捷。太和四年（369年）四月至九月，桓温北伐前燕时，因为决策失误，先胜后败，“损失三万余人，大败而归。”途中，桓温所部又因“行役既久，又兼疾疠，死者十四五，百姓嗟怨”。
“粮运不继，焚舟而归”“军中绝粮，又闻前秦援兵将至，遂烧船、弃甲，自陆道撤退，凿井而饮，行军七百馀里，途中遭前燕骑兵伏击”（《晋书》），桓温作战报告中的虚假托词，并不能掩盖他的责任，更不能阻止他的威望大减。这次惨败，对于桓温来说，无疑是政治上的致命打击。一蹶不振，一落千丈，还是强做英雄，强行废立，忧心忡忡的桓温和觊觎皇位已久的司马昱一拍即合，毫不犹豫地选择了后者。太和四年（369年）十一月“辛丑，桓温自山阳及会稽王昱会于涂中，将谋后举”。
“将谋后举”，即废掉司马奕。通过废立，桓温可以挽回颜面，重树威望；丞相、会稽王司马昱也最有条件坐上皇帝宝座。揣着不同的目的和共同的利益，桓温和司马昱站到了一条船上。废立，是一件天大之事；再者，司马奕循规蹈矩、谨小慎微，并无过错。因此，桓温并不敢贸然行动。太和六年（371年）十一月，桓温在听取部下关于“宫阐重闷，床笫易诬”妙计后，“诬帝在藩夙有痿疾”（《晋书》），三个儿子都是后妃与他人私通所生，并将此“密播此言于民间，时人莫能审其虚实”。（《资治通鉴》）
皇帝患有“痿疾”，皇子“莫知谁子”，这是一件事关国家尊严、皇室血统和政治稳定的头等大事。褚太后得知这一宫廷“丑闻”，登时“感念存没，心焉如割”，不辨真伪地指责司马奕“人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储藩。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！”于是以皇太后的名义，行“伊霍之举”，“废奕为东海王，以王还第”（《晋书》）。这一年，司马奕刚刚30岁。桓温为了谋图废立、揽权夺势，出此卑鄙下流的阴招，使司马奕之私密器官“被阳痿”的同时，令其政治生命也随之告终。在一片欷?#91;声中，司马奕灰溜溜地结束了六年的傀儡生涯。