西部节节胜利的同时,苻坚又在实现他的另一个宏伟计划,南下攻晋。然而随着淝水的落败,也让吕光西部的胜利变得毫无意义。于是最初原想留在西域的吕光,在高僧鸠摩罗什的建议下,领兵回到凉州,哭悼完苻坚,吕光在部署的拥戴下,自称凉州牧、酒泉公,建元太安。吕光先攻灭凉州刺史梁熙,“四山胡、夷皆附于光”(《通鉴》),而后又打败了想趁机复国的前凉余部,基本统一了凉州全境。公元389年,吕光称三河王,“置百官自丞郎已下”(《晋书》),改年号麟嘉。396年即天王位,大赦境内,改年号龙飞,正儿八经的当上了皇帝。
征讨西秦,是后凉对外用兵的开始,也是后凉由盛至衰的转机。开始西秦迫于吕光的强大,国主乞伏乾归不得不对吕光称臣,后来西秦渐强,就不再听命于吕光。公元397年,吕光亲自派军征讨,却惹出了一场变故,这场变故也让后凉开始步入危机边缘。事件源于吕光的弟弟吕延,因中了乞伏乾归的埋伏而被俘杀。吕光听信谗言,将吕延的死怪罪到跟随吕延的尚书沮渠罗仇身上,罗仇因此被斩首,“宗姻诸部会葬者万余人”(《晋书》),终于将罗仇的侄子沮渠蒙逊逼反,拥立段业建立了北凉政权。而一向对吕光不服气的地方势力秃发乌孤,也趁机建立南凉政权。一时间,强敌环伺,战事不断,一向平静的凉州,进入了群雄争夺,战火纷飞的乱世。而吕光死后,后凉内部又祸起萧墙,吕光苦心经营起来的后凉政权,处在了生死存亡的边缘。