关键时刻：在毛泽东房间发现炸弹
北平和平解放后，情势仍不容乐观。有资料显示，在当时的北平城内，仅国民党特务组织就有114个，职业特务达8500多人。1949年2月，解放军举行了入城仪式。按计划，5月党中央就要正式进入北平了。为确保万无一失，李克农向中央建议暂时住在香山。在征得中央同意后，李克农就和北平市公安局秘书长刘进中一起赶往香山双清别墅，亲自检查毛泽东住所。凌晨两点，他吩咐便衣队队长到毛泽东下车处进行保卫工作，自己留在别墅和战士们一起进行最后一次彻底清查。就在此时，他接到警卫战士一个惊人报告：在预备给毛泽东居住的房间一角，发现一枚炸弹！妥善处置后，他在确信没有其他隐患后，毛泽东等人才进入各自房间。
精心策划：与国民党保密局头子毛人凤斗法
1949年12月，毛泽东第一次出访苏联。毛人凤认为机会到了。毛人凤和美国顾问布莱德密谋,制定了制造第二个“皇姑屯事件”的两套方案。第一套方案是命令潜伏在大陆东北的国民党特务组织在哈尔滨车站埋下定时炸弹；第二套方案是利用潜伏在北京天安门附近南池子的“万能潜伏台”进行指挥,伺机而动。与此同时，李克农召集有关人员开会,具体研究破获“万能潜伏台”的问题并布置了具体方案。很快，集台长、报务、情报、译电四职于一身的计兆祥被捕。李克农让他给毛人凤发了一份电报：“毛人凤先生：被你们反复吹嘘的“万能潜伏台”已被起获……你们现在‘寄人篱下’,好景不长。你若率部来归,我李克农可以保证你们安全。告诉你,发报的报务员就是计兆祥。”