努尔哈赤听说孙承宗被免职了，立即率八旗大军来攻。魏忠贤的亲信、辽东经略高第听说金军来了，吓得浑身发抖，立即命令关外官兵全部撤回山海关。兵熊熊一个，将熊熊一窝，官兵们得到撤退的命令，拼命地往回跑，撤退变成了溃逃。孙承宗苦心缔造的十二车营战车被丢到沟里。
驻守在宁远的宁前道袁崇焕抗命不撤，与总兵满桂等人在宁远城创造了奇迹，他们用红夷大炮打得清军狼狈不堪，灰溜溜地撤了回去。后来袁崇焕被任命为辽东巡抚。努尔哈赤回到沈阳后不久病死，皇太极继承皇位，又率领大军进犯，在锦州、宁远被袁崇焕、赵率教打败。明军利用孙承宗缔造的关宁防线取得了宁远、宁锦两次大捷。可是大奸臣魏忠贤却贪天之功为己有，将功劳算在了自己的头上。不久，又将忠心耿耿的袁崇焕削职为民。
熹宗皇帝朱由校病死后，他五弟朱由检即位，也就是崇祯皇帝。朱由检一上台就除掉了大奸臣魏忠贤，平反东林冤狱，一时间普天之下一片欢呼。崇祯皇帝召回了袁崇焕，任命为督师。袁崇焕见有了这么一位英明的天子，当时的心情非常激动，他承诺要用五年的时间恢复辽东，他哪里想到，就是这个被他寄予无限希望的皇帝，不久就把他给千刀万剐了。
崇祯二年的秋天，皇太极的大队人马绕过关宁防线，进入长城。在京师震动的危急时刻，孙承宗被官复原职，担负起了护卫京师，节制各路援军的重任。孙承宗一上任，就不辞劳苦，连夜巡视北京内城外城，布置防御工事。第二天，皇帝又命令孙承宗到通州去镇守。当时，城外敌军遍地都是，孙承宗与茅元仪只率领了几十个骑兵，冒着很大的风险，冲出东便门，到通州去执行御敌的任务。
袁崇焕在关外听说金兵已经入关了，急忙命令山海关大将赵率教先带领精兵入关保卫京师，赵率教的部队在遵化附近被后金军打败，赵率教英勇牺牲。袁崇焕听到消息后立即带主力部队以最快的速度入关，在遵化追上了后金军。清军统帅皇太极不与袁崇焕交战，而是直接杀向北京，袁崇焕只好也向北京开进。双方在广渠门外摆开了战场，孙承宗从通州派3000劲旅赶来支援，这才打败了后金军。