1959年庐山会议后，林彪主持军委日常工作，彭德怀及总参谋长黄克诚、总后勤部部长洪学智均被撤职。邱会作由此接任总后勤部部长，达12年之久。有报道称，邱“把总后搞成针插不入、水泼不进的独立王国”。
邱会作既能干事又会办事，中央及军委有关领导凡遇困难，均喜找他帮忙解决。
邱会作并非“玩主”。儿子邱路光言，将军不跳舞、不打猎、不下棋打牌，唯以学习和工作为爱好，称之“工作狂”不为过。路光记忆中父亲建国后只休假一次，因那时母亲小产，于青岛休息一月。
“总后”一份报告引出“五七指示”
邱会作将军任总后勤部部长正值国家困难时期，军队经费拮据。他号召各部队开荒种地，养猪种菜，办家属厂等。3年饥荒时期，解放军系统无浮肿、无饿死人情况，且总后从农副业生产经费中上缴国库20个亿。1966年初，邱会作主持起草了《关于进一步搞好部队农副业生产的报告》，以总后勤部署名送林彪，林彪转呈毛泽东。毛阅后大喜，复信林彪，要求全国各行各业都要办成“大学校”，“学政治、学军事、学文化，又能从事农副业生产……”等，此信写于5月7日，史称“五七指示”。肖华闻之与邱会作言：“你发财了，既发经济财，又发政治财”。
“文革”期间，邱会作除军队事务外，亦负责“外援”事宜，即支援“世界革命”，如以武器、弹药、服装、药品援助阿尔巴尼亚、越南、朝鲜、罗马尼亚、坦桑尼亚等国。将军事必亲躬，案无留牍，条理井然，多次受周总理赞誉。