与此同时，黎元洪的身体健康每况愈下。他晚年长期饱受糖尿病和高血压的困扰，而国内时局的动荡与激变，也冲击了他的实业投资，带来进一步的打击。1928年5月25日，黎元洪在观看赛马时突然晕倒，随后病情加重。他自知时日无多，于6月1日口述遗嘱，并通电全国，6月3日病逝于寓中，享年65岁。
黎元洪的遗嘱共十条，所言皆为国家大事。这位首义都督在弥留之际，对于当时国内纷乱的时局仍然忧心忡忡。他特别强调，希望从速召开国民大会，解决时局纠纷，并实行垦殖，振兴实业，更强调“数千年立国之根本精神、道德礼教，常较物质文明尤为注重”，并希望“早定政治方针与教育宗旨”。
此时，南京国民政府的“二次北伐”正一路高歌，抵近京津，“全国统一”胜利在望。并非革命党出身的黎元洪，在辛亥革命中所扮演的角色，在一些国民党人看来似乎并不那么值得称颂。事实上，多年之后流传甚广的“床下都督”之误说，其制造和传播过程中，也是一些国民党人起了作用。不过，在北伐行将统一全国的1928年，面对溘然长逝的这位首义都督和前大总统，南京国民政府仍然给予了很高的礼遇。