蒋经国周遭的改革派，认为他们驾驭着民主的历史浪潮，但是只有经国先生能够走过险滩暗礁，能够说服国民党及撤退来台的外省人自动放弃独裁权力。王昇事件和刘宜良命案凸显出蒋经国大去之后，反对派依然有可能夺得权柄。改革派担心的是，反对派夺权动作可能会得到蒋氏家族的支持。
蒋纬国即将由军中退役；蒋经国有意派他出任“驻沙特阿拉伯大使”，或是“驻韩国大使”，但是他不肯。最后，蒋经国同意派他出任“国家安全会议”秘书长。这个职位使得纬国具有政治地位，而且可以留在岛内，参与国家大事。纬国和他的一帮朋友可能想到，一旦身体衰弱的经国撒手人寰，国民党领导阶层可能会请他出来领导党。可是，蒋经国本人认为，若是如此，才是台湾和国民党的大不幸。
蒋经国希望天能假年，让他得以执行改革计划，可是他也晓得时间消逝得很快。4月18日，蒋经国的心跳每分钟仅有二三十下，非常危险。姜必宁医师认为他需要装心律调整器（又称电子起搏器）。进入手术房之前，蒋经国只通知了五个高级官员：他指定的继承人李登辉并不在其中。鉴于一系列的重大改革仍有待推动，蒋经国认为时机太敏感，即使是对许多亲信，也不宜让他们知道他要动手术。装了心律调整器之后，蒋经国的心跳恢复正常，但是他依然抱怨呼吸急促。“中央通讯社”于8月26日发布这项手术的消息。这时候，蒋经国终于开始公开使用轮椅，可是在访客面前，他依然显得“精神奕奕，掌握下情”。
他经常要求宋楚瑜向他报告反对派杂志报道些什么消息。有一个例子显示出，他还继续高度管事，而且充分掌握政治脉动。1986年2月县市级选举之前，他预测国民党在彰化县、嘉义县县长选举会大败，建议马树礼秘书长，党不要提名同志参选。由于地方党部反弹，蒋经国接受折中方案：彰化县党部不提名，嘉义县党部则照样提名。果然，嘉义县长选举，国民党候选人大败。不过，整体而言，国民党的战果相当不错——高投票率使得执政党赢得三分之二以上的县市议会席次。下一个月，国民党中央委员会产生新的“中常委”，本省籍“中常委”人数增加到几近半数（总数三十一席，十四席本省籍）。