以隐蔽战线最基本的常识判断，蔡孝乾的作为确实存在多项致命的缺点。按照陈泽民、张志忠等人对蔡孝乾的指控，蔡孝乾不仅没有资格领导地下党隐蔽战线的工作，他甚至连当一个共产党员都不够格。1950年6月1日，蔡孝乾在报纸发表了一份公开自首声明，并在电台广播。蔡孝乾叛变后，任职于“国防部”保密局、“国防部”情报局等情报单位，授予少将衔，上级交付其任务为专事写作及研究分析工作。1982年10月，蔡孝乾因病在台北病逝，终年74岁。
除了蔡孝乾的个人品质，中共台湾省工委对形势估计错误造成指导方针偏差也是招致大破坏的原因。毛泽东在抗战期间曾提出过党的地下工作的十六字方针，即“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，等待时机”。周恩来在总结中共南方工委1942年遭破坏的教训时也强调，地下党不能同时兼搞武装斗争，因为二者的指导方针是矛盾的。众多实践都证明，搞武装斗争需要广泛发动群众，势必不能隐蔽组织和领导者，而中共台湾省工委违背隐蔽方针，急于建立武装训练基地，在工人学生中不经严格审查大力发展党员，恰恰为敌特提供了机会。