342年，高句丽都城丸都被慕容鲜卑攻陷，高句丽王的母亲和妻子被掳走，父亲的墓也被盗掘，高句丽王被迫向慕容鲜卑称臣纳贡。
其后，经过较长时间的积蓄发展，高句丽再次趁着中原战乱，恢复实力，牢牢掌控平壤地区的同时，重新开始攻占辽东郡、玄菟郡。在好太王时代，高句丽终于完全占据辽东（约405年）。至此，高句丽吞并了西汉以来所设置的辽东、玄菟、乐浪、带方四郡的广大辖区，并在427年将都城迁到平壤，大力经营朝鲜半岛。
在随后的南北朝时代，高句丽通过控驭辽东和黄海东部交通，展开“越境外交”，与南北对立的中原王朝同时建立联系，并且远通北亚草原的柔然和突厥，甚至与中亚粟特人也有联系（很多学者认为撒马尔罕壁画中的鸟羽冠使者就是这一联系的证据），可以说高句丽已然成长为欧亚东部世界的一个强国，因此中原史书称高句丽“强盛不受制”。
6世纪下半叶，隋帝国最终结束南北分裂，中原走向统一，高句丽问题也日渐被提上议事日程。后来，隋唐屡征高句丽，就是人们所熟知的“征辽东”。隋炀帝三征高句丽，导致国内大乱，身死国灭。继之而起的唐帝国，在668年与后来居上的新罗联手，先是灭亡了百济，又在白江口（今天韩国的锦江口）的大海战中大败前来援助百济残余势力的倭军。唐军与新罗水陆并进，南北夹击高句丽，趁其内讧之机，一举攻破平壤，灭亡了高句丽。随后，唐朝在平壤设立安东都护府统辖其地。
综合来看，高句丽是一个强韧的国家，屡屡与中原抗衡，最终覆亡仍然是由于外部的摧毁。自汉末至唐初，高句丽共存在了705年，先后以桓仁、集安、平壤三地为都，所以高句丽王城、王陵及贵族墓葬在现今中朝两国境内都有分布。
两个“高丽”，还是一个“高丽”？
那么，高丽又是“谁”？这要做两层解释。
首先，高句丽在后期就开始被称为“高丽”了。
在南北朝时代的中国正史中，“高句丽”就开始被写作“高丽”，在南朝，《南齐书》最先如此称呼，而北朝可能更早，至晚《北齐书》已经将“高丽”作为“高句丽”的称呼了。至于原因，学界目前仍有分歧。有人认为是高句丽自己改名了，也有人认为是中国史书的简写——之前也曾简写“高句丽”为“句丽”、“句骊”。但是到隋唐时代，史书中对于高句丽的称呼绝大多数都改成了“高丽”，仅有个别记载同时并用“高句丽”。一句话，高句丽还是那个高句丽，只是叫法有所变化。