全国党代表会议最后通过的《关于高岗、饶漱石反党联盟的决议》，决定开除饶漱石的党籍。
“饶潘扬反革命集团”
上海市公安局长扬帆，1954年9月以“重用、包庇和掩护一批反革命分子”的罪名被逮捕，同年12月31日被送往北京隔离审查。潘汉年（中共上海市委第三书记、上海市副市长），是上海市公安、政法系统的实际领导人，扬帆的顶头上司。1955年4月，他向中央交代1943年被李士群挟持秘密会见汪精卫一事，随即以“内奸”罪名于4月3日被捕入狱。饶漱石因直接领导潘汉年、扬帆在反特方面的工作，故而受到牵连，也随即被捕入狱。
1957年整个侦讯工作结束，公安部把饶、潘、扬三个专案组的侦讯报告合写成一个给中央的结案报告，断言：“实际上是一个反革命集团”。但此案长期搁置，没有移交检察司法机关。饶漱石在功德林监狱度过了近5年的铁窗生涯后，1960年3月15日，饶漱石和潘汉年被转移到了新建成的秦城监狱。1963年1月9日，最高人民法院正式开庭审理潘汉年案，最高法院以“内奸、反革命罪”终审判决潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。与潘汉年同案的扬帆，1965年8月以“反革命罪”被判处有期徒刑16年，剥夺政治权利终身。同年的8月30日，最高人民法院对饶漱石作出终审判决。判决书确认：“被告人饶漱石犯有严重的反革命罪行，他在上海工作期间，利用中共上海市委第一书记和华东局第一书记的职务，采取两面手法，不仅重用了内奸分子扬帆，把中统潜伏特务分子胡均鹤安插在上海市公安局内，而且在扬帆等人大量使用特务反革命分子的问题被揭发后，中央、华东公安部一再向他提出要彻底处理时，他仍然不予置理，使这一大批特务反革命分子猖狂地进行反革命破坏活动，达5年之久，严重地危害了人民的利益。”根据中华人民共和国惩治反革命条例第13条的规定，判处饶漱石有期徒刑14年，剥夺政治权利10年。随后裁定假释，移交公安部门管制、改造。“文化大革命”期间，1967年5月22日，饶漱石、潘汉年、扬帆从他们所在的劳改农场重新被逮捕，后被送进秦城监狱。