与凯瑟琳王后所生的姐姐玛丽一样，伊丽莎白也失去合法身份，从高贵的公主沦为新王后简·西摩所生的弟弟爱德华的侍女。在西摩难产死后，亨利八世又迎娶过三任王后，宫廷中不断上演“宫斗戏”。在这种起伏的命运中逐渐长大，伊丽莎白也锻造了自己早慧而谨慎的品性。
1547年，亨利八世去世，将王位传给爱德华，由爱德华舅舅萨莫塞特公爵摄政。尽管同父异母的弟弟爱德华对伊丽莎白并无敌意，但在1553年，未满16岁的爱德华六世一命呜呼前，竟留下一份颇令人费解的政治遗嘱——剥夺两位姐姐的王位继承权。这份遗嘱在当时受到普遍的质疑，最终，经过一番激烈斗争，玛丽战胜诺森伯兰公爵支持下的简·格雷郡主，登上英国王位。
隐忍多年的玛丽终于扬眉吐气，在她统治时期，英国在宗教和政治上改弦更张。整个王国笼罩在天主教复辟的巨大阴影之下。伊丽莎白由于宗教和王族血统，受到玛丽的猜忌。据说早在玛丽加冕时，就发生了一件引发猜忌的事：伊丽莎白向法国大使抱怨她戴的冠太重，法国大使不无深意地说道：“忍耐一下吧，你很快就会有另外一顶更好的。”这件事被西班牙大使听到，并转述给了玛丽。在此后的五年间，多起叛乱都打着拥立伊丽莎白的旗号，伊丽莎白是否真的参与，我们不得而知，但传言足以引起玛丽的警惕。伊丽莎白后来在“怀亚特叛乱”中被玛丽关进伦敦塔，几乎陷入绝境。在宗教上，伊丽莎白也不得不迎合姐姐，并选择离开宫廷这片是非之地。据说，为了向玛丽表明自己的天主教信仰，她在离开时耍了一个小计谋：在启程10英里后，她故意派人到宫廷中找玛丽要轿舆，顺便向她的这位姐姐要一身斗篷式长袍和神父举行弥撒时穿的无袖长袍。伊丽莎白看似无意的举动，却在有意向玛丽表明自己对天主教的信仰。这是年轻的伊丽莎白政治智慧的体现，也多少反映了伊丽莎白委曲求全的艰辛。