入宫后的这次临幸生下了一个小公主，卫长公主。对于久不添丁的后宫来说这是多么振奋人心的消息啊，汉武帝十分高兴对这个公主也是宠爱有加。汉武帝一高兴就对卫子夫比从前还要宠爱，因为子夫也是个懂事的女子，对武帝是体贴入微，绝对贤妻良母，武帝深感自己娶了一个好女人，对卫子夫爱得不行，随后又为武帝生下了两个公主。
日子一天天过去，居后宫复杂环境的卫子夫，凭借她的隐忍、宽容和良好的性格很快就坐到了仅次于皇后之位的夫人位置上，当时的皇后陈阿娇与汉武帝是青梅竹马的恋人，眼瞅着自己的恋人跟别的女人整天在自己跟前秀恩爱，就当皇后不是他汉武帝的老婆一样，陈阿娇觉得自己受委屈了，便向汉武帝撒泼，想重新获取武帝的爱，可惜陈阿娇把女人爱用的把戏都用完了都没能挽回刘彻的心，反倒是觉得此女是野蛮又不可理喻。
元光五年，因陈皇后巨资求子而不得，于是使用妇人媚道害人邀宠的事情被察觉，武帝非常愤怒，便下令彻查此事，一查原来是陈皇后在施巫蛊之邪，建立祠堂祭祀诅咒，属大逆无道之罪。于是，为后11年的陈皇后于秋七月乙巳日以惑于巫祝被废。卫子夫在此后半年，成功为武帝诞下他的第一位皇子，举朝臣子亦为这位迟来十余年的大汉皇长子的诞世而高兴。武帝为皇长子取名为刘据。卫子夫不久也坐上了皇后的位置。
“一朝为后鲜擅宠，亲人功高未尝骄。谨言慎行上敬爱，四十一年绝尘嚣。渐见颜色成衰老，便闻新人新宫笑。可怜半世贤德名，一夕丧尽坟无壤。 莫怨帝王多薄幸，何曾明君重情长。”生男无喜，生女无怒，独不见卫子夫霸天下。“民间歌谣足以证明卫子夫的为人，她在后宫复杂的环境中，做了38年的皇后，并不是独霸天下，而是处处小心，谨小慎微，以恭谨谦和赢得汉武帝的恩宠，赢得了大臣和后宫人等的尊敬。
直到征和二年，宫内发生了巫蛊之事，天下人心惶惶，武帝也因为年纪大了，心生猜忌愈加相信巫蛊之事，并怀疑为皇后与此事有关，其实卫子夫与巫蛊之事没有关系，于是武帝脑洞大开，联想到卫氏家族势力极其庞大，认定皇后想要推翻自己的政权，卫皇后面对佞臣为奸、血染长安、百姓遭难、太子出奔的情境，没有将罪责都推卸到佞臣身上为子开脱，而选择了担责。感情上被遗弃，地位上受威胁，胆战心惊、风雨飘摇地活着。