顺治二十岁时,因患天花英年早逝。8岁的康熙,尊顺治遗照登上皇位。康熙尊自己的祖母孝庄为太皇太后,徽号累加为”昭圣慈寿恭简安懿章庆敦惠温庄康和仁宣弘靖太皇太后“,孝庄于是又开始辅佐年幼的康熙。康熙回忆说”朕自幼龄学步能言时,即奉圣祖母慈训,凡饮食、动履、言语,皆有规度,虽平居独处,亦教以罔敢越轨,少不然即加督过,赖是以克有成。“在康熙初年复杂的政局中,孝庄以自己的影响平衡着各种关系,尤其是她并没有继续从其母族博尔济吉特氏中挑选皇后,而是亲定首辅索尼的孙女赫舍里氏为皇后,以索尼牵制专擅的辅政大臣鳌拜,体现了其政治家的胸襟与识见。康熙后来成功铲除鳌拜,也是与孝庄的支持分不开的。祖孙两人共同治世,熬过了清初问题颇多的时候,将这个由她夫君建立,她儿子扩大的王朝带向了繁盛。
康熙二十六年,孝庄以七十五岁寿终,寿终也就是寿终正寝。她死时留下遗嘱,皇太极的陵墓已多年未动,如今再动土,恐扰了其安宁,我自己也舍不得你们父子两人,就将她葬在顺治陵寝旁吧!