再有顺治帝一连两任皇后都娶的是科尔沁的女人，他极为不喜，却又无法反对。这种强行的安排，虽然让顺治心中极为不舒服，但到底还是可以忍受的。关键就在于后来出了个董鄂妃，不仅一进宫就封贤妃，一个月后就晋为皇贵妃，再到后来甚至想要废了皇后，改立董鄂氏为后。孝庄对顺治这一系列的做法，哪有不理会的道理。因此因为一个董鄂妃，母子两人的争吵断然是不会少的。反观康熙呢，孝庄没有理会科尔沁的利益，反而做主将索尼的孙女赫舍里氏定为康熙的皇后，以牵制权势日大的鳌拜。从小受到帝王之道教育的康熙，知道祖母的意图，自然不会反感，反而会感激。
综上所述，顺治帝之所以和孝庄感情不好，最根本原因就是性格的缺陷。
孝庄并没有和皇太极合葬，而是将陵墓独自设在清东陵外，一直让众多学者争论不休。孝庄自己的意思是：”太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。若别起茔域，未免劳民动众，究非合葬之义。我心恋你们父子，不忍远去，务必于遵化安厝，我心无憾矣。“康熙帝从小就敬重自己的祖母，对于祖母临死的请求哪儿有不应的道理。但这样的说法，实在说服不了现在的学者，于是他们四处搜集资料，寻找孝庄不和皇太极合葬的原因，总结出来，原因有以下几点：
一、孝庄曾经下嫁过多尔衮，这点从”皇父摄政王“这一称呼可以看出。对于自己下嫁多尔衮，虽然是迫于无奈，但仍自觉无颜面对自己的夫君，所以不愿和皇太极合葬。
二、顺治的孝陵处于陵区内至高无上的位置，而孝庄则是顺治的生母，将她葬在陵区内任何地方，位置都低于孝陵，这就与她的辈分不相称。
三、虽然孝庄没有和皇太极合葬，但与远在沈阳的清东陵却同属一个体系，从孝庄的陵墓叫昭西陵就可以看出。虽然孝庄没有和皇太极合葬，但两人仍属同一陵区，只是有东西之分而已。