哲哲一生没有生下一个儿子，孝庄的孩子福临继承皇太极皇位，改元顺治之后，被尊为母后皇太后。顺治六年，哲哲逝世，享年五十一岁。与皇太极合葬于昭陵，谥号经历代累谥为“孝端正敬仁懿哲顺慈僖庄敏辅天协圣文皇后。”
孝端文皇后到底是怎么死的，史书上没有具体的说法。许多影视剧上，都表现出的是“病死”的这么一个说法。特别是前几年那部《山河恋。美人无泪》，对于哲哲的病，更是描绘出了一个极为顺畅的前因后果。
科尔沁与建州的联姻，其实就是两部共和，建立盟约的见证。这一次联姻，最主要的目的，就是诞下儿子，一个具有两部血脉的儿子。可是哲哲嫁给皇太极之后，接连生了三个女儿，都没有生下一个儿子。就算后来孝庄嫁过来，生的也只是一个女儿。这期间哲哲承担的压力可想而知，因此她四处求医，各种偏方都试了个遍。这些药物，搞垮了她的身体，而那巨大的压力，又使她怀孕更加艰难。就这样进入了这么一个死循环，虽然开始没有表现出来，但到后来，病痛总会夺去她的生命的。
《清史稿·孝端文皇后传》：“顺治六年四月乙巳，崩，年五十一。七年，上谥。雍正、乾隆累加谥，曰孝端正敬仁懿哲顺慈僖庄敏辅天协圣文皇后。”史书既然只是一个字“崩”，那么最大的可能就是自然死亡吧！