清顺治十五年的时候，孝庄皇太后身子不适，顺治帝虽然忧心母亲的身体，但另一反面他也觉得这是一个很好的机会。什么机会？当然是废掉博尔济吉特氏的机会。“十五年正月，因太后不豫，世祖责后礼节疏阙，停用中宫笺表，下诸王大臣议论废后事宜”顺治帝这一做法，当然瞒不过精明的孝庄，“知子莫若母”她很清楚顺治的最终目的。所以立马下旨，这才保住了博尔济吉特氏的皇后之位。
“十七年八月，董鄂妃病故，追尊孝献皇后；十八年，世祖崩。皇三子玄烨登基，是为康熙帝，尊后为母后皇太后，上尊号曰仁宪皇太后，居慈仁宫，后有抚康熙第五子胤祺于宫。康熙二年，康熙帝生母慈和皇太后崩；康熙二十六年，昭圣太皇太后崩。”康熙生母和孝庄先后去世，只留康熙和博尔济吉特氏。康熙是个孝顺的帝王，在共同经历了孝庄太后的去世后，晨昏定省，时刻问候，母子感情更进一步。
康熙五十六年，博尔济吉特氏逝世，享年77岁。据说孝惠章皇后博尔济吉特氏重病之时，尽管康熙因为废太子之事，心力交瘁，头眩足肿不能行，仍以帕裹足至宁寿宫亲奉汤药，太后昏迷之际，康熙帝跪于床下，捧太后手呼曰“母后，臣在此”，太后闻言，张目而视，不能语，执帝手视之；丙戌，太后崩，康熙号恸欲绝，坚行割辫之礼。“割辫之礼”，仅在孝庄去世时，康熙才做过，可见康熙与嫡母之间深厚的感情。
孝惠章皇后博尔济吉特氏去世之后，被葬在清东陵之孝陵之东，经历代累加谥后，谥号为“孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后”