乾隆十三年，乾隆启程东巡，孝贤纯皇后随侍在列。不过可悲的是，正是在这一次东巡中，孝贤纯皇后突然崩逝。她的离世，给乾隆带来了巨大的悲痛。孝贤纯皇后的去世，使乾隆深为哀恸。乾隆的悲痛之情，甚至影响到了前朝，带来了朝廷内外一场不小的风波。在当时凡是对皇后的离世，不以为意的人，均都受到了严厉的处罚。
皇子中，凡是没有表现哀思的，全都被乾隆扣上没有资格继承大统的帽子。在皇后册文中，将先妣翻译成“先太后”的官员，被下狱问罪。京都之外，许多官员都呈上希望能叩拜大行皇后梓宫的折子，虽然乾隆未予理会，但凡是没有递上折子的官员，都被问责。乾隆帝自身更是亲做挽诗，悼诗，以追忆孝贤纯皇后。最特别的是，孝贤纯皇后的丧礼极为豪华，更是位列国葬一列。
对于孝贤纯皇后的离世。后世有许多说法。有的人说是生病死亡，有的人说是遇刺身亡，有的人说是后宫妃嫔的勾心斗角。但小编认为最靠谱的，应该是抑郁于心，加之舟车劳顿，最终拖垮了她的身子。
那个时候，孝贤纯皇后，正沉浸于孩子早夭的悲痛中。整日伤心郁郁，忧思极重。后来又随乾隆东巡，一路车马劳累，最终导致了身体上的衰弱。病魔趁虚而入，心神本就不定的孝贤纯皇后，很快就被拖垮了身体，怅然离世。